“9·11”国家纪念博物馆在世界贸易中心基金会（ World Trade Center Foundation, Inc.）运作下开始筹建，基金会在2005年春季开始正式运营，并与曼哈顿下城发展公司（Lower Manhattan Development Corporation）有设计和施工方面的合作计画。 2006年10月，纽约市市长麦可彭博成为该基金会的董事会主席。

“9·11”国家纪念博物馆设计方案的竞争十分激烈。在恐怖攻击发生两年多后，2004年1月14日，34岁的以色列建筑师麦可·阿拉德和71岁的美国园林设计师彼得·沃克共同提交的“倒映虚空”设计方案才最终脱颖而出，击败了来自63个国家和美国49个州的5201名竞争者，获得了由艺术家、遇难者家属、政府代表和当地市民共13人组成的评审委员会的最终认可。这一设计方案占地3万多平方米，将世贸双子大楼留下的大坑建成6米深、各占地4000平方米的方形水池，其四周的人工瀑布最终汇入池中央的深渊。用四周的水声遮蔽闹市区的喧嚣，而瀑布则能过滤外部强烈的光线。馆长丹尼尔斯认为，这两个巨大的瀑布水池将成为整个纪念馆最为引人注目的标誌性景观。馆长丹尼尔斯说：“我想整个纪念馆给人的感觉就是两个建在世贸遗址上的水池与其他建筑融为一体，水池中有美国最大的两个人工瀑布，这里是双子大楼曾经伫立的地方。与此同时，近三千名遇难者的姓名刻于水池周边的墙体，在绿树环抱中和流水声的映衬下，这里会显得非常平和。人们来到这里，就好像当年‘9·11’事件发生后人们聚集到这里一样。”

建筑概念图

在“倒影虚空”方案被选定后的一年多时间里，最初的一些设计还是遭到了质疑和反对，原先的一些设计元素也由于各种原因而被推翻，尤其是方案中将遇难者姓名刻于地下展馆的想法遭到了很多死者家属的反对。2006年6月，应死难者家属的要求，设计方案进行了变更，所有遇难者的姓名被刻在环绕两个巨型水池的墙体上，让人在感受对逝者怀念的同时，获得了重生的希望。

世贸遗址就想一个巨大的建筑工地，高高的塔吊成为新的景观，机器的轰鸣与都市喧嚣融为一体，每天会有众多游人穿梭于此，或驻足拍照，或唏嘘感叹。　在这个巨大的建筑工地南缘一角，有一座醒目的建筑，这就是在“9·11”恐怖攻击事件十周年当天对外开放的“9·11”国家纪念馆。之所以醒目，是由于纪念馆入口处有两根顶端呈三叉戟形状的钢柱，高约21米，每根重约45吨，是原先世贸双子楼建筑结构中的一部分，在清理世贸废墟时被找到。纽约市长布隆伯格曾表示，七层楼高的世贸“三叉戟”被放置在世贸遗址，象徵着人们克服“9·11”灾难的勇气，也昭示着人们面对未来的希望。此外，国家纪念馆最独特的设计，恐怕就是位于世贸双子楼原址上的两个陷入地下的方形瀑布池，很好地体现出设计师“倒映虚空”的理念，意在提醒人们反思这里曾经失去的存在。

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