直肠显微镜由显微镜、光源、电源等部份组成。原理、结构与普通显微镜相似，是一种结构比较简单的小型的低倍显微镜，放大60倍，视野直径2毫米。镜筒是一根直的空心铜管，物镜固定在镜筒前部分的内部，固定后不再移动，目镜在镜筒的另一端，可前后移动，用来调节焦距，使物像清晰。光源部分有小灯泡，光源罩，导线，开关和装于手把中的电池等。直肠显微镜的前触头（无色透明的有机玻璃）和后触头（蓝色透明的有机玻璃）具有两块玻片的作用，在肠腔中用来直接压住肠黏膜组织，进行在位观察。直肠显微镜的前部分密封良好，便于检查后用1：1000新浩而灭液洗刷、浸泡消毒。