象其他以色列的特种作战部队一样，第十三突击队的训练课程长达20个月，无论在体力上还是在精神上都是一个极端的挑战。士兵只有在完成全部训练，才能成为突击队的成员，并开始参与实际战斗。

首先，是在以色列特战训练基地——密特堪亚当陆军基地进行为期4个月的基本步兵训练，然后被送往以色列南部的步兵学校参加两个半月的高级步兵训练再前往以色列戴尔诺夫空军基地附近的以色列伞兵学校进行三个星期的训练。这三个阶段的训练相对较为简单，淘汰率也不高。训练相当于普通步兵训练的难度，旨在逐步培养士兵的战斗素质并掌握基本的步兵作战技能。完成以上训练后，所有参训人员便被送往第十三突击队的基地——爱特利特海军基地，开始最为严酷的特种作战训练。

準备阶段：这个阶段主要是为潜水和水下作战进行準备训练，为期7个月。这一阶段也是淘汰率最高的时期，通常是在开始训练两个月左右，很多士兵被淘汰或自愿放弃训练。通过这一阶段训练的士兵通常也会完成整个训练，最终成为一名合格的第十三突击队队员。这个阶段的训练主要包括高级步兵训练以及武器操作，海上作战基本训练，小型舰只操纵，长距离游泳和行军以及摧毁陆上敌目标训练。在这一阶段有为期5个星期的“占领训练单元”，通常是在坐落于密特堪亚当陆军基地的以色列反恐学校内与以色列的另一支着名的特战部队——梅特卡尔侦搜队一起训练。

潜水训练：这一阶段训练为一个月，在这个阶段的训练中，队员们将学习潜水作战的基本要素，例如如何在昏暗浑浊的水中潜泳，如何在各种複杂危险的水下环境中(岩石、弯道、水压等)生存。

高级阶段：在这一阶段队员们学习高级的潜水技巧，并学习水下爆破和武器使用，并进行长期的登入渗透训练。之后，队员们将学习联繫所有已学知识和技巧进行水上反恐行动。在这一阶段的中期，队员们将根据其表现被分别选入第十三突击队的三个不同大队，最优秀的队员进入突袭大队，他们学习掌握埋伏、海上渗透、反恐作战及其他陆上作战训练。而表现稍差的进入水下大队，主要进行潜水作战训练以及水下爆破和小型潜艇操作训练。最差的则去水上大队，主要是学习第十三突击队三种主要快艇的操纵。完成长达1年零8个月的严酷训练后，队员们终于获得“蝙蝠徽章”，并成为合格突击队员，开始参与实际战斗。

联合训练：第十三突击队还参加联合训练，在50、60年代，大部分的联合训练都是与法国突击队一起进行的，不过如今，第十三突击队的大部分联合训练则与美国海豹部队共同完成。联合训练往往要进行几个星期，甚至几个月，有的在以色列本地，由驻海法海军基地的美国舰艇和潜艇协助完成，有的则在美国进行。

由于多种原因，第十三突击队是目前以色列国防军中唯一一支仍然採用前苏联的AK-47突击步枪作为日常标準武器的特战部队。主要是基于以下几个原因：

在70年代，以色列的特种部队使用过多种不同口径的突击步枪，包括前苏联的7.62×39毫米AK-47，以色列军事工业公司(IMI)的5.56×45毫米和7.62×51毫米伽利尔突击步枪，以及美国的5.56×45毫米M-16和7.62×51毫米M-14。但第十三突击队通过对上述武器的一系列测试发现，对于执行水战任务，尤其是在水下和沙漠中作战来说，最好的武器是IMI生产的伽利尔SAR型以及AK-47突击步枪。

与伽利尔SAR比较，AK-47有一个很大的优势，那就是AK-47是恐怖分子使用的第一号武器，因此恐怖分子遭遇携带AK-47的第十三突击队时往往需要几秒钟来确定敌友。这一优势在第十三突击队在80年代为国内安全总局执行的几次任务中，得到充分体现。

如今，第十三突击队正在逐步减少AK-47的套用。除了所有在海军基地参训的年轻士兵在训练阶段一直使用AK-47外，在实际执行任务中，只有当任务涉及潜水时，第十三突击队才携带AK-47，在其他任务中，例如突袭，第十三突击队则携带CAR-15(偶尔也会用M16)。与AK-47相比较，它们更轻，精度更高且用途也更广泛。

此外，随着以色列特种部队装备的高科技化，恐怖分子已经很难再把一名穿着防弹背心和携带先进通讯设备的第十三突击队队员看作友方了。再者使用CAR-15和M-16，可防止突击队在与其他特种部队联合作战时被友军当作恐怖分子。

第十三突击队最为喜爱的轻武器还有IMI生产的9毫米微型乌兹冲锋枪。在今天的以色列军队中，老式的标準型乌兹冲锋枪已经很少使用，目前只有乌兹家族中最新和最小的两种(小型和微型)乌兹冲锋枪仍在使用。由于微型乌兹冲锋枪外型小巧、重量轻且枪托可摺叠，使它很容易被绑在突击队员的腿上或固定在防弹背心上，不会在潜水和游泳时造成很大干扰。因此，它被作为执行涉及潜水反恐任务的主要轻武器。

事实上，第十三突击队始终没有停止寻找一种可以适应各种海上作战的轻武器，最近第十三突击队测试了IMI生产的新型伽利尔5.56×45毫米MAR微型突击步枪(枪管更短)。通过测试，突击队发现该武器具有极佳的便携性，另外由于伽利尔枪族的基本设计基于AK-47，因此伽利尔微型突击步枪与AK-47内部结构很相似，对于用惯了AK-47的第十三突击队队员来说，也很适应操作。但另一方面，该型武器还存在一些问题，比如射击精度低，较重，以及不便于使用其他辅助瞄準装置和附属档案等缺点，限制了其用途。不过，未来，伽利尔微型突击步枪很有可能取代第十三突击队的AK-47，成为突击队的标準武器。