1989年，《湖泊科学》创刊，由中国科学院南京地理与湖泊研究所和中国海洋湖沼学会联合主办。当年出版1期。

1990年，出版了2期；1991年出版了1期。

1992年起，刊期为季刊。

2006年，《湖泊科学》改为双月刊。每1、3、5、7、9、11月6日由科学出版社出版。

2010年1月起，开闢“研究快报”栏目。

2014年11月，《湖泊科学》成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2016年起，《湖泊科学》只接受网站投稿系统投稿。

《湖泊科学》设有研究论文、研究快报、综述、研究报告、信息与动态等栏目。

据2018年4月《湖泊科学》官网显示，《湖泊科学》第六届编辑委员会有顾问6人、委员60人，编辑部成员3人。

据2018年4月中国知网显示，《湖泊科学》共出版文献2608篇。

据2018年4月万方数据知识服务平台显示，《湖泊科学》载文量为1996篇。

《湖泊科学》被CA化学文摘（美）（2014）、JST日本科学技术振兴机构资料库（日）（2013）、Pж（AJ）文摘杂誌（俄）（2014）、EI工程索引（美）（2016）、CSCD中国科学引文资料库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）（中国科技技术信息研究所，万方数据）、中文科技期刊资料库（维普）、《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊（中国知网）、RCCSE中国核心学术期刊（武汉大学中国科学评价研究中心）、中国学术期刊综合评价资料库（中国知网）、万方数据——数位化期刊群、中国期刊网、中国学术期刊（光碟版）全文收录期刊、中国地理与资源文摘、中国生物学文摘、古生物学文摘、水文水资源文摘、中国学术期刊文摘等收录。

据2018年4月中国知网显示，《湖泊科学》被总下载871987次、总被引55704次、（2017版）複合影响因子为2.027、（2017版）综合影响因子为1.437。

据2018年4月万方数据知识服务平台显示，《湖泊科学》被引量为37533、下载量为85495。2015年影响因子为1.439，在全部统计源期刊（6735种）中排名第464名，在天文学、地球科学（226种）中排名第43名。

根据中国科学技术信息研究所 2017年10月公布的 2016年度中国科技期刊引证报告（核心版） , 《湖泊科学》综合评价总分排名水文学、海洋科学类第一；其中， 影响因子为1.247（水文学、海洋科学类第一） ，总被引频次达2416 次（水文学、海洋科学类第一）。

据中国科学引文资料库（ CSCD ）2016年10月公布的统计数据，《湖泊科学》的影响因子为1.1417，总被引频次2048次。

2010年、2012年、2013年、2014年、2015年、2016年、2017年7次获“中国百种杰出学术期刊”称号。

曾被评为中科双效期刊。

《湖泊科学》主要报导湖泊（含水库）及其流域在人与自然相互作用下资源、生态、环境变化的最新研究成果，刊载与湖泊科学有关的各学科（如物理学、化 学、生物学、生态学、地质学、地理学等）以及湖泊工程、流域综合管理的理论性或套用性研究论文、简报和综述。