南馆以“南极旅行”为主题。沿着南极观测船“富士号”的南极路线，再现了“日本之海”、“深海”、“赤道之海”、“澳大利亚”及“南极之海”五个水域的生物生长的自然环境。通过17mx23m的巨大萤幕IMAX影像放映使人有种身临其境之感。海洋剧场可容纳350人，还有可以体验深海世界的容纳25人的深海艇“Aviz号”等，影像设施很丰富。

北馆以“35亿年追溯旅行”为主题。设有“大洋”、“日本之海”、“极光之海”、“进化之海”和“海风广场”五个区域。饲养并展示海豚及白鲸等大型海洋哺乳动物。这里拥有可容纳约3000人的观览席，在这里观看这个世界最大型主水池里举行的表演，利于一步理解海洋生态及发展。