1872年、正式“开港”。 1924年、木造码头动工兴建。 1935年、混凝土码头修筑，供20吨级的船舶得以靠岸。 1954年、琉球政府 指定为重要港湾。 1960年、港湾设施工程开始动工，在1963年完成工事。 1965年、3000吨级码头（1投锚处），1000吨级码头（1投锚处），500吨级码头（3投锚处）整备完成。 2001年、与台湾花莲港结为姊妹港。 2004年、抗震码头(-9.0m)的开始兴建与使用。 2007年、新离岛航站开始使用。

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为应对中国在钓鱼岛海域的巡航活动，日本海上保全厅长官北村隆志2013年1月16日在记者会上表示，将要求中央政府和地方政府在作为钓鱼岛警备基地的石垣港（位于沖绳县石垣市）增设停泊空间，从而能停泊5艘千吨级以上大型巡逻船。目前的码头可供2艘大型巡逻船停泊。

据日本媒体报导，鑒于中国海监船等在钓鱼岛周边海域的航行正趋于常态，海上保全厅称，“希望提高石垣岛作为据点的机能，以加强警备体制。”

据海上保全厅称，石垣港上有石垣海上保全部，到钓鱼岛的距离为170公里。海保今后将向国土交通省的港湾局及管理石垣港的石垣市政府要求新增能停靠3艘大型巡逻船的专用码头。

2010年9月7日上午在钓鱼岛附近海域，一艘中国渔船遭日本海上保全厅巡视船冲撞。日方于8日凌晨1点左右下达逮捕令，并于2点将中国渔船船长逮捕。

中国船长姓名为詹其雄，今年41岁。这艘中国渔船船身可见标示为“闽晋渔5179”。

8日晨7时25分，詹其雄抵达沖绳县石垣港。詹其雄在下船时有短暂露面，后被带到石垣市市厅进行调查。

据日本共同社讯息，其余14名中国船员不会被立案，但由于无法入境，将在船上等待。但不排除海上保全厅对其进行调查询问的可能。这14名中国船员将于8日晚间抵达石垣港。

中国外交部发言人姜瑜曾于7日表示，钓鱼岛及其附属岛屿自古就是中国领土，中方要求日本巡逻船不得在钓鱼岛附近海域进行所谓“执法”活动，更不得採取任何危及中国渔船和人员安全的行为。中方将密切关注事态发展，保留做出进一步行动的权利。

中国驻日本大使程永华已就日方在钓鱼岛海域扣留中方渔民渔船向日本外务省负责人提出严正交涉。要求日方立即放人，放船，避免事态进一步升级。

8日晨，中国驻日使馆就日方对中国船长採取司法措施向日方提出严正交涉，并已派员赶赴沖绳县石垣岛探视中方渔民。

8日上午，外交部部长助理胡正跃奉命召见日本驻华大使丹羽宇一郎，对日方在钓鱼岛海域抓扣中国渔船事提出强烈抗议，要求日方立即放人放船，并确保中方人船安全。