专攻科以五年一贯制教育为基础，再进行两年的高度实践性、创造性教育，以培养能够应对尖端技术的实践性技术者，为专门学校毕业生提供继续深造的机会。国立舞鹤工业高等专门学校以培养在机械、电气、电子、建设系统等领域具有专业水平的实践性技术人才为目标。因此，学生在掌握套用于更广泛领域的基础学力的同时，还通过实践性的技术及实验、毕业设计，使学生掌握更扎实的实践技能。

学校现设有4个学科，分别为机械工学科、电气情报工学科、电子控制工学科、建设系统工学科。2000年又设定了专攻科，包括电气控制系统工程和建设生产系统工程。