明朝末年朝纲不振，内有奸宦当道，外有倭寇横行。为使百姓免遭涂炭之苦，大将戚继光和其堂弟、兵部侍郎戚继宇励精图治，终于连手组建了戚家军，在抗击倭寇的战斗中捷报频传。
倭寇首领大岛正雄不甘心自己的失败，施重金贿赂昏君的心腹、司礼大太监童大宝。贪赃枉法的童大宝一向利用昏君的宠幸肆意弄权，并有意将戚家军收编为自己的私人武装，遭到了戚继光和戚继宇的断然拒绝，并从此结下仇怨。在大岛正雄的授意下，童大宝乘机向昏君进谗言，以图谋造反的罪名欲将闻名天下的戚家军就地解散。
刚正不阿的戚继宇获悉了童大宝的阴谋，在儿子戚少正的协助下得到了童大宝暗通倭寇的证据。不料讯息败露，童大宝抢先下毒手，不仅将戚继宇手中的证据销毁，而且以莫须有的罪名将戚继宇打入天牢。一直欲将戚家军置之死地的童大宝乘机以荣华富贵利诱戚继宇，让他出面指证戚继光有造反的事实，遭戚继宇断然拒绝，并派儿子戚少正连夜出京城向戚家军送信，使得列入童大宝名单上的一大批将领有时间转移，童大宝欲将忠良一网打尽的阴谋破产。
恼羞成怒的童大宝将戚家满门抄斩。并为斩草除根，悬重金追杀戚家惟一倖存的后人戚少正。走投无路的戚少正被北少林的主持方丈至一收为徒弟，取法号昙志。不料童大宝得知了讯息，率锦衣卫赶来，以血洗少林相威胁要他们交出昙志。为保护忠良的血脉，少林众僧宁死不屈，奋力抵抗。丧心病狂的童大宝下令火烧少林，至一禅师捨身护法，在熊熊烈火中成就大善。临终前，他命武僧三脚带着自己的血书，护送昙志投奔南少林的圆照方丈。　昙志和师兄踏上了去南少林学艺的征途。这一路前有堵截，后有追兵，惊险无比中，却也穿插着一段段浪漫谐趣的爱情故事。英俊的昙志先是在深山老林中，被娇憨稚气的小妮所救，还被爱管闲事的老爷爷逼着，与痴情的小妮做了一个月的假夫妻，好在老爷爷是戚家军的老部下，当然知道戚家后代身负的责任，于是不顾孙女的心情，毅然将昙志送上路。

但不久师兄弟几个又误闯戏班，被多情的小花旦白荷、红莲姐妹纠缠，追兵赶来时，这里还热热闹闹地上演了几齣美女救英雄的大戏。昙志也曾动过凡心，但身负国雠家恨、方丈重託，昙志一次次毅然离去，反倒是表兄三脚，一个迷迷糊糊、又馋又懒、却心地善良如猪八戒一般的人物，一次次为邂逅的美女痴迷，又怎奈美女的眼中只有昙志，从没有三脚。
一路上昙志遇到了无数这样善良的小人物，他们坚持正义、不畏童大宝的淫威，竭力保全忠良之后。昙志历尽千辛万苦，终于如愿地投到圆照师叔的门下。在这里，昙志结识了一班性格各异的同师兄弟，甚至还结识了寺院旁边一群年轻的小尼姑，更与女扮男装混入少林学艺的日本女孩华子结为好友，演出了一段梁山伯与祝英台的故事。
当然，更重要的还是学艺，因为他要报仇，昙志和一群志同道合的年轻人结为知己，他们同门学艺、同仇敌忾，终于重建戚家军，将残暴的倭寇彻底消灭。而昙志也终于炼成旷世武功，手刃了以童大宝为首的奸党，报了国恨家仇。
小妮、红莲、白荷、华子纷纷赶来，这些不同性情却同样可爱的女子，哪一个是他的真爱所归，伫立在于自己有再造之恩的少林寺中，面对千百年来的佛法清规，昙志将如何选择。

高海燕为演好戏中的尼姑，毫不犹豫地把一头秀美的长髮剃光。

拍摄间隙，雅琦不耻下问，计春华、于承惠等演员看到她如此谦虚好学，传授给雅琦许多动作技巧。吴京对她更是有求必应，关怀备至，刀枪剑戟，拳打脚踢会的都教了。

拍摄时，吴京饰演的昙志被追杀而身负重伤，跌跌撞撞地从七、八米高的绝壁上飞滑而下。不系保险带一连滑跌了五次，脑袋撞击石壁的声音清晰可闻，手脚多次受伤。

复仇和爱情是贯穿《少林武王》的两条并行的主线。除了惊心动魄的武打元素外，浪漫谐趣的爱情故事也是让观众着迷的亮点。主人公昙志的几次“艳遇”，令全剧轻鬆有趣。（人民网评）

该剧歌颂了中国人民抵御外侮的民族气节。（甘肃日报评）

该剧文戏细腻、没有丝毫矫揉造作，故事情节诱人。虽然故事发生在森严的寺庙周围，虽然清规戒律和尘俗的情义在碰撞，但主人翁之间的感情因收敛而愈发深厚。（江南时报评）