日本战国时代初期，德川家康成为天下的统治者，但丰臣秀吉一派的某些诸侯心存异志，有人暗中培养刺客，而前武将小幡就是刺客的老师。小幡收养了九男一女十名孤儿，将他们教导成格斗高手，阿墨是其中唯一的女孩。有一天，小幡突然下命令，叫他们分成五组自相残杀，胜者才能跟他去执行任务。青年们在震惊之后不得不从命，阿墨也亲手杀死了与自己互生情愫的师兄。他们意识到作为刺客，杀戮或被杀是必须承受的命运。

小幡一行人出山后，在小镇遇到流寇血洗当地居民，他严令门下不得插手，坐视眼前的血腥屠杀。他得到的指示是杀掉德川身边的三员大将，第一个目标是浅野。阿墨以年轻美丽，得以接近喜爱垂钓的浅野，将他一举击灭。接下来众人伏击第二个目标加藤清正，但在加藤手下以飞猿为首的忍者全力保护下未能得手，反倒有一人中了毒剑。加藤逃生后，开始纠集力量反击，先是找来以自残为乐的佐敷三兄弟，又到监狱中放出了快刀嗜血狂人美女丸。

在他们落脚的小镇上，有一个表演中国杂技的江湖戏班，其中的女主角亚惠和阿墨一见如故，并与阿墨的师兄一见钟情。戏班在移动途中遇到佐敷三兄弟，除了亚惠全部被杀，路过的阿墨等人出手，将佐敷三兄弟击毙。面对中毒病倒的弟子，小幡决定弃之不理。阿墨等人第一次和师父发生了争执，甚至拔刀相向。小幡愤怒地宣称，阿墨不再是刺客，率另外人离去。小桥答应亚惠送她回乡，但遇到女装且涂脂抹粉、双手各持刀和一朵蔷薇的美女丸，师兄不敌力战身亡，等阿墨赶到已经迟了。亚惠请阿墨与她同行，并第一次为她化妆，穿上女性服装，阿墨仿佛恢复了女孩的烂漫本性。夜里，一些强盗抓住她们意图强暴，阿墨反抗将其尽杀，她意识到“杀人是她的宿命”，只有拿起刀搏斗才是属于自己的人生。

小幡与弟子刺杀加藤，陷入重围，受伤被俘。阿墨此刻赶来，独闯数百人的敌阵，格杀美女丸，但小幡已气绝。阿墨穷追逃掉的加藤，一直到海上将他刺杀，为师傅和师兄们报了仇。

《少女杀手阿墨》的内容可以简略概括，那就是暴力、暴力、还是暴力。长达到140分钟的该片，打斗戏约在110分钟左右，血光飞溅的打斗贯穿始终。人物出场不久，旋即尸横就地。人造血浆在影片中的耗费几乎到了如雨的程度，上户彩少女的脸上也经常溅满鲜血，至于在影片中“死去”的角色更是难以计数。也是一部较全面地展现了日本电影武打面貌的作品，从这个意义上讲，倒是值得一观。剧中最主要的兵器是堪称冷兵器精品的日本刀，刀术的拼杀场面也最多，象上户彩就专门练了一个月的刀法。

说到影片的主题，《少女杀手阿墨》》一方面浓墨渲染了武士道中百折不挠、视死如归（不但对自己，也包括别人的生命）、近乎疯狂的忠诚和责任感，这是许多日本武士电影的核心思想。另一方面，《少女杀手阿墨》也足以被视为近年来在东亚流行的以强悍女子凌驾男性为剧情特徵的“女权主义”电影之一。对于东亚的女性社会及文化地位传统来说，这类影片的走红应该成为一个值得研究的重要现象。以《少女杀手阿墨》为例，女性和男性观众在影院中的观看快感应是不同的，其中又似乎存在着某种联繫。（《日本新华侨报》评）

在《少女杀手阿墨》中，北村的后现代动作美学得到了淋漓尽致的展现：葱郁丛林中影影绰绰的多人追逐、远景长镜头拍摄的水墨画般意境的喷血画面、剑客间对峙的造型和渲染以及流畅而富有节奏的“漫画流”剪下等。北村处理阿墨行刺加藤清正的段落，完全打乱了叙事的空间，恍如梦幻般失去了时间和空间的概念，阿墨于海洋中一跃而出、把目标砍做两截、圆满完成任务。这种变奏于乔伊斯意识流的手法，极具艺术感召力。诸如嗜血如命、总是手舞足蹈的、外形俊美的变态男“美女丸”、神出鬼没的铁皮忍者“长户”、颟顸滑稽、又富正义感的猴皮忍者“飞猿”以及“自残三人众”等歇斯底里的众人物，也都给观众留下了深刻的印象。（《新快报》评）