影片故事发生在1614年，正值德川家康统一日本，结束了诸侯割据的战国时代，建立了幕府统治体制。为了巩固政权，德川家康决定消灭具有潜在威胁性的忍者势力。此时日本两个最着名的忍者村落分别是卍谷的甲贺和锷隐谷的伊贺。400年来两个村落一直处于敌对状态。为了维护和平，双方祖先曾订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。一个偶然的机遇，两个忍者村落的继承人胧（仲间由纪惠饰）与弦之介（小田切让饰）在不知彼此身份之下相识，进而坠入情网，但殊不知，等待他们的却是无可抗拒的悲惨宿命。

德川家康展开政治密谋，废止了伊贺与甲贺之间的和平约定，并以选择幕府的下任统治者为由，命令两个村落间各派出五名最优秀的忍者进行对战。十名忍者个个身怀绝技，更拥有特殊的超能力，将开始一场生死大对决。胧与弦之介成为这一阴谋下的牺牲品，为了各自家族的荣誉而被迫成为敌人，挣扎在爱情与仇恨的边缘。就在十名忍者踏上死亡征程的同时，幕府的大军悄悄开进位于深山中的两个村落，将大炮对準了无辜的居民。

《甲贺忍法帖》是日本首部真正意义上的“基金电影”，他希望该片的成功运作能够成为日本电影市场成长的引爆剂，为电影人提供新的资金运作思路。（所谓基金电影，也就是指以普通的电影爱好者和个人作为集资对象，由他们共同投资完成电影的拍摄）

该片是小说《甲贺忍法帖》的电影版，作者正是有“日本的金庸”之称的山田风太郎忍者题材作品的杰作，以天马行空的想像力，构造出一个引人入胜的忍者世界。

影片中的甲贺和伊贺是日本两个最为着名的忍术流派。参与生死大战的每个忍者都拥有着惊人的特异功能，如胧的“毁灭之眼”、弦之介的“慧眼之术”、阳炎的毒功、药师寺天膳的“不死金身”等等。为了呈现这些精采而刺激的忍者奇特超异能武技，片方投入重金打造出炫幻超酷的动作特效场面，着实令人大饱眼福。

此外，影片还对忍者的出路进行了探讨，在日本诸侯割据的战国时期，忍者以其独有的奇功异能而成为各家诸侯用来保护自己、对付敌人的重要工具。作为武器而存在，为荣誉而战斗至死，是忍者在乱世的宿命，也是忍者对其存在价值的唯一认知。然当德川家康统一日本，和平时期来临，忍者势必要面临着命运的重大转折。所谓“狡兔死，野狗烹”，德川家康试图消灭神秘而又难以驾驭的忍者势力，免除后患。而在忍者内部，对于自身何去何从也出现了不同意见。以弦之介和胧为代表的新一代忍者相信忍者也是人，也有追求幸福爱情和平静生活的权利，但他们却难以逆转不可抗拒的悲剧命运。而以二人的祖辈以及十名忍者中最为顽固的筑摩小四郎为代表的传统忍者依然坚信战斗是自己唯一的命运，即使要退出历史舞台，也是要在与敌人的对决中光荣地死去。影片的最后，理想主义的弦之介牺牲了生命，捍卫了爱情；比弦之介要现实和中庸一点的胧活了下来，并以自毁双眼为代价，换得了德川家康对甲贺和伊贺两个村落的保全，带领着活下去的族人开始了和平年代的新生活。（新浪网评）