上古时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大势力原本相互抗衡、共缔和平；后却因炎帝势力的没落，而导致黄帝、蚩尤双雄争霸，烽烟四起。最后，两人相约于涿鹿，在一场惊天动地的大战后，蚩尤一族从此消失无蹤，黄帝以仁德之政统御万民。然而，战争并未就此结束。

今世，鲜血、征战、杀戮与野心，再度在战乱纷呈的三国拉起开端；而一切的缘由，竟只因为一段上古未完的宿命纠葛，以及被历史遗忘的两个人。

主角姬轩父母在八年前离奇失蹤，之后便由智者徐庶、与妹妹徐虹代替父母之位，照顾着他与姊姊姬霜。一日，却因一场莫名的致命追杀，将原本生活单纯的姊弟抛向混乱複杂的战争时代。

离山之后，他的旅程依旧步步危机，在过程中，他与貂芷、糜香、燕起、虞冰、以及千年狐狸百玥相继结识，进而相知相惜；这背景迥异的六人，一起在势力倾割的乱世中，依靠自身的能力与判断，一一通过接踵而来的考验。

朋友、情人、现实与理想，在交错複杂的爱恨情仇中，他却只能选择一种立场。在决定自己的道路之时，一场延续上古的恩怨正悄悄地展开。

姬轩和姬霜均为游戏开场时第一可控男女主角，随着主线剧情的进行，队伍中会加入貂芷、糜香等伙伴经历各种事件。

玩家出战角色具有力道、仙骨、强壮、御法和速度五大能力值。

玩家在游戏中可拿到三种茧印之卵，分别为赤印、暗印及藏印，只要好好照顾便能孵育出茧印之兽。刚拿到的茧印之卵具有非常高的可塑性，随着玩家不同的培育方法，将成长成不同的形态，当然攻能及特性也随之不同。幻想三国志简化了茧印的培养过程，玩家只需专心的在战斗中唤出助拳，便能有所成长，不必需经过锁碎的餵食而分化焦点。成长到完全的茧印之兽还可以成座骑。

在战斗中如果出现了围观的NPC（人、动物、敌人都有可能），他们可不只是看热闹这幺单纯，这其中隐含了与玩家互动的机制。当玩家所使用的攻击招式波及到旁边的NPC，就有可能会产生互动。

例如在襄阳城中，主角姬轩与貂芷的比武大会里，就会有许多围观的民众于战斗中吆喝起鬨，进而惹火咱们的女主角貂芷。而在战斗过程中玩家所使用的招式如果波及到旁边的路人，将可见到这些无辜的百姓被主角给打飞。运气好的或许可以趁机捡到路人所遗落的珍贵物品，运气差会惹火路人惨遭围殴，受到意外的伤害。

装备可分为“武器”和“护具”，护具包括头具、防具、靴子和配饰。

武器有剑、刀、扇、戟等，可增加角色力量值等；头具、防具等可增加强壮值、御防值等；靴子可增加速度值等；配饰则具有些提供buff功能，如增加物品掉落率等。

物品类分为恢复、攻击和辅助三类。

恢复类道具可恢复体力与真气等；攻击类道具可在战斗中给予敌方不利状态等；辅助类道具可在战斗中解除不利状态，如中毒等。

游戏中每个敌方人物都带有‘晶魄’，这些晶魄都具有不同的能力，只要将之镶进适合的装备之中，便可以发挥作用。每个晶魄可以镶崁的部位不同、大小不同、形状也不同。在镶崁时要注意装备上洞的大小及形状，如果跟晶魄相符合，便可以镶于其中而得到其能力。而如果装备上的晶魄之洞够大，还可以镶上许多个晶魄。

镶崁及拔除的功能，玩家可以随时在主介面的部份进行，但要注意的是，晶魄的拔除必需要损害自身的精元，功能愈强大的晶魄，所耗损的精元便愈高，这点在晶魄分配上必需要加以注意。

场景分为迷宫场景和城镇场景，随着主线流程的进行，玩家将会进入各种场景。

迷宫场景主要是进行野外战斗，使得角色升级获得更好的能力，此外，在迷宫场景中通过拾取也可获得道具，用于战斗等，同时也存在一些特殊点用于恢复主角的体力与真气。

城镇场景则是主要发生剧情、购买装备道具以及获得游戏世界的信息等。

阵形的发动，就是要改变目前我方的攻防效果，相对的也会带来某种程度的缺陷弱点。阵形所带来的攻防效果可分为‘全体’及‘个人’二种层面。阵形的发动是有门槛限制的，通常的门槛限制来自于我方人数。愈高级的阵形所需的门槛人数愈高（如四人阵、五人阵、六人阵），所附加的效果就愈高，但是相对的，阵法的维持也就愈不容易。如在发动六人阵时，只要我方其中一个人挂点，那阵形就会崩溃。

《幻想三国志》在战斗中可以随意变换阵形，当“六人阵”被破之时，及时变更为“五人阵”或其它阵法，也能有其它的战术效果。

战斗中引入了相当程度的计策运用系统，即玩家可以在战斗前做好埋伏，待适当时机后引动，而在战斗中一瞬间扭转局势。例如在赤壁之战一役中，玩家苦心所策划的连环船一计，如用火攻必能收得奇袭之效，然而却少了东风，如勉强引动埋伏，必将回火反烧玩家，造成损伤。而当另一方的孔明祭起东风时，将可亲眼体会到战斗流势的逆转。

游戏中的各个阶段，都插入了小游戏，在游戏进行了一段时间后，除了可以缓和情绪之外，还可以有不同的新鲜玩法及惊喜。例如在赤壁之战前夕，玩家将经历一连串紧绷的剧情，而到了草船借箭的部份，就可以改由小游戏的进行来诠释。

该作在美术风格上的静态画面採取了明亮鲜明的卡通画风，和中国的山水国画有机结合，浑然一体，形成一种独特的视觉效果。动态方面製作者加入了很多场景动态效果，例如远处或隐或现的袅袅山烟，不停迎风摇曳的树叶，阳光通过树阴洒满一地圆圈等等。游戏里地图人物的表现方面，回到了2D的卡通手绘感觉，不过仍然留有原来3D的细腻质感；髮丝飘动，手指轻拂等的细腻动作都能一清二楚（新浪游戏评）。

该作主题曲有两首歌曲，风格不一样，但是却有一个共同的特点，就是都有伤感离别的元素在里面。游戏的背景音乐独具匠心的江南小调风格，而且在不同的城市所呈现出来的感觉就是不一样。而战斗音乐则是有些单调（太平洋游戏网评）。