两岸基督教会经过交流，彼此的了解及连结均有了长足的进展。2011年，台湾基督教界跨宗派教会、神学院、福音机构的牧长，组成“台湾基督教教牧参访团”，赴大陆北京、南京、上海、福州等地参访，与宗教事务部门以及各省市的基督教“两会”、神学院领袖，就实质议题面对面交流，获得丰硕成果。2012年，台湾基督教教牧参访团以“举办两岸基督教论坛”及“强化两岸教会连结”两大论述及多项议题，提出实质的建议，获得大陆教界及有关方面的支持。同年5月，国务院台办副主任叶克冬访台时希望两岸基督教有更多的合作。2013年4月，国家宗教局副局长蒋坚永在会见魏悌香牧师率领的参访团时，期望两岸教界为维护两岸关係和平发展，为实现中华民族伟大复兴，共同努力，做出更大贡献。

2013年8月27日开幕晚会上，唱诗班演唱了由两岸教友创作的歌曲《雨后彩虹》等。

论坛首先以“两岸教会现况报告”拉开序幕，夏忠坚牧师（中华基督教福音协进会秘书长）以历史纵轴回溯过往台湾教会历史，接着论及台湾教会增长的12大主因与现象，并谈到未来台湾宣教所面临的挑战及契机。“根据1987到2011年的教势报告显示，台湾基督徒比例从2.53%上升到5.44%。”夏牧师谈到促使的12大主因包含：灵恩运动带动敬拜讚美事工，台湾教会有70%～80%教会皆展开敬拜讚美事工；小组化运动；大型教会兴起；教会合一运动；儿少事工突破；职场宣教崛起；家庭事工被受重视；社会知名企业家及基督徒艺人归主浪潮涌现；教会类型多元化，不同型态教会出现；促使社会转化运动萌芽；提升对海外教会的影响力。白崇亮长老（中华21世纪智库协会理事长）则就21世纪智库研究报告于2012年12月提出的研究报告，横向指出基督信仰在台湾社会现况。

中国基督教三自爱国运动委员会主席傅先伟长老致辞表示：第一、希望这次论坛能成为分享、事奉、经验、联络肢体感情的重要平台。两岸教会一起分享从神那领受到启示，也一起分享彼此的经验，来担当今日教会面临的挑战。第二，希望这次论坛能成为探讨两岸教会合作事奉，开创广阔的前景。第三、希望这次论坛能够给两岸教会加深理解和彼此尊重：我们正视现实的差异，尊重彼此的不同，理解对方的处境。如果我们都有这样的心愿，相信今后两岸教会的交流合作，基础更加坚实，合作将更加广阔，更成为两岸教会、两岸人民的祝福。并表示，此行透过论坛及参访教会，在传福音、牧养上彼此交流、认识。此外；藉此使台湾教会更多了解大陆教会的现状，增进彼此互信。他说，相较于大陆13亿的人口，基督徒比例约有2300多万人，比例仍低，尚有许多未得之民未曾听闻福音，这也是中国教会积极努力的方向。针对此次论坛未提及“海外宣教”部分，他表示，就中国自身的经验与教训，三自教会体认由当地人自己来宣教，最能理解当地民众的需要，中国教会乐意提供协助与支持，鼓励当地人起来宣教。

台湾基督教界知名人士周神助、周联华等也分别在开幕式上致辞，表达了对此次论坛举办的喜悦之情。

两岸多位教会人士表示，两岸基督教交流走过“春江水暖”，正迎来“春花盛开”，期待未来“四季如春”。根据安排，论坛将以“交流”为主题，展开为期两天的专题报告、议题分享、书展、基督圣乐及诗歌晚会等。

此次论坛，两岸牧者也特别就在两岸三地频频出招的“全能神”从圣经真理及策略提出因应之道。新北市地方教会欧阳家立长老首先提到，中国的异端邪教来台变名为“全能神”，后又更名为“新歌教会”于2011年在台取得设立许可。该组织言论并非圣经基要、正统且完整的教训，但其透过持续刊载于台湾各大主流报纸的广告混淆视听。台湾众教会遂发表联合声明并成立常设组织“台湾基督徒信仰研究学会”决心长期争战。

“根据中国公开资料记载，东方闪电教于1993年开始出现于河南省，利用女色、撒谎、殴打等诸多不法行为操控传教。”胡俊杰牧师（河南省基督教协会会长）谈到，中国地区教会屡受异端邪教扰害的主因在于：城市教会增长较快，信徒的信仰状况及个人问题难受到细緻照顾；农村教会缺乏较高层次教牧人员，在牧养能力有限下，对异端辨识不清下易留破口。“一些农村教会的信徒甚或全被异端教会掳走。”因此他提出四项抵制异端邪教的措施：一、把握时效、发挥网路资源及出版物优势；二、透过举办座谈会、撰写文字资料，维护正教权益，揭露邪恶本质；三、抓住教会现有关建队伍，办好高层培训、保障底层牧养；四、固本强身，注重神学生培养并加快义工培训。

岳清华牧师（福建省基督教三自爱国运动委员会主席）则谈到抵御全能神的建议：一、异端透过免费赠送出版品的方式散布错谬言论，抵制方式之一应作好文字宣传；二、信徒对于真理认识不清易受诱惑，应作好真理装备；三、扎实做好教会牧养工作为对抗异端之良策。陈吉松院长（圣光神学院院长）提到，邪恶异端非单一全能神，因而回到圣经从真理辨明是根本方针。他从异端及正统教训就“基督论”、“圣灵论”、“三位一体”三方面辩证。

论坛期间于相同场地同时展出台湾基督教文字协会、中原大学宗教研究所与中国基督教全国两会出版部共同举办的书展，另有木雕、铜雕艺术。

2013年8月30日至2013年9月1日连续3天，大陆87位牧长分成8团，展开台北（3团）、台中（2团）、台南（1团）、高雄（1团）、花莲（1团）各地教会、神学院、福音机构等参访行程，实际与当地牧长同工进行更深入的互动与交流。

台北参访有3团，在神学教育方面，参访了中华福音神学院、浸信会神学院，还同时参访了多处福音公益机构，其中有宇宙光全人关怀机构，蒲公英希望基金会，安得烈慈善协会，伊甸基金会，以及出版方面的以琳书房等。并且还与艺起发光促进协会的宋逸民、林宏修长老进行了交流分享。

台中团先透过城市导览了解台中市绿化工程的成果、新市政的发展及七期重划区的建设，之后兵分两团前往台中大使命教会、台中思恩堂、重庆教会，台中旌旗教会，南投地方教会相调中心参访，最后前往日月潭游览。

高雄团参访了圣光神学院，之后来到高雄唯一的24小时敬拜祷告中心，凤山活泉灵粮堂，以及高雄指标性教会武昌教会与高雄市地方教会，最后进行了城市景点参观。

台南团参访了台南圣教会、天桥长老教会、台南市地方教会、加利利宣教中心与车路墘教会，以及教会附属犹太人屠杀纪念馆。花莲团参访了花莲毕士大教养院及门诺医院，玉山神学院、姬望纪念教会等。

此次两岸牧者另外一大亮点是在离台的最后一天，2013年9月1日（基督教主日），14位大陆方牧师于全台各地5县市12间不同教会进行证道，这是台湾教会的“第一次”，也是继2011年10月7位台湾牧长前往上海7所不同三自教会主日证道后，两岸教会“讲台交流”的更进一步。

各地证道牧者分别是浙江基督教协会会长兼杭州崇一堂主任牧师顾约瑟，广州市基督教协会副会长陈穗生牧师，江苏省基督教协会副会长何介苗牧师，广东基督教协会会长梁明牧师，安徽省基督教两会主席薛连喜牧师，金陵协和神学院王芃牧师，福建基督教两会主席岳清华牧师和杭州基督教协会副会长张耀法牧师。

此次两岸基督教论坛的圆满结束可以说是首开历史先河，特别是大陆教界大规模组团访台在以前不可想像，对于两岸来说都是具有重要意义的一件大事。不过此次参加两岸基督教交流的主要是中国三自教会教牧人士，在大陆还有大批未登记的中国家庭教会牧者此次并未出席，两岸教牧人士盼望能够有更多交流机会。