文禄元年（1592年），丰臣秀吉将关白一职让给养子丰臣秀次后在伏见山指月筑。

庆长元年（1596年），伏见城在京都附近的大地震中几乎全毁——这也是丰臣秀吉时代走向没落的开始。两年后，伏见城才得以重建。

秀吉死后，石田三成曾被的丰臣氏将领福岛正则等人追杀至此。而关原大战的第一枪就是在此城打响，驻守此城的德川部将鸟居元忠在石田三成率领下的西军的围攻下战死，留下了 “主公，祝您武运昌盛” 的千古绝唱。

庆长八年（1603年），德川家康进入伏见城拜领“征夷大将军”的称号，创立幕府，并在这里进行仪式——伏见城也是德川家康的最前线，主要是监视丰臣秀赖的行动。不过在大坂之阵以后，江户城取代伏见城成为德川幕府的权力中心。

宽永二年（1625年），伏见城遭废弃。宽永三年（1626年），德川家光下令废城，并将其材料用于其他城堡和寺院增建。废城后，原城址变为梅花田。伏见城天守于1964年在别郭重建。

2003年1月，该区打算建成一个主题公园，但是在民众反对下而取消。