1944年，第二次世界大战后期，包括西班牙在内的广大南欧国家仍然笼罩在弗朗戈法西斯独裁政权和内战狼烟阴霾下。不过饱受弗朗戈领导的叛军蹂躏了长达几年之久的西班牙却仍然有不少地区尚未平息战乱,北部纳瓦拉的山区就依然有一小伙叛军仍在负隅顽抗,因此，西班牙军队还在四处搜捕、屠杀共产党员和民主人士。12岁的小女孩奥菲丽娅在战争中失去了父亲，母亲卡门马上就要生下继父的孩子，她和身怀六甲的母亲前往北部与继父维达会合。维达的是隶属于弗朗戈独裁政权的法西斯军官，负责在西班牙北部追查当地游击队的搜捕反抗组织和左派人士，并以绞刑、阉刑等残暴手段对其进行无情镇压，维达唯一的乐趣也是研究各种刑具来折磨残害被抓来的异见人士。接卡门母女过来同住与其说是共享天伦，还不如说只是要监视卡门把属于他的骨肉生下来。

在奥菲丽娅随母亲去找继父的路上，无意中遇到了一只蜻蜓一样的精灵。精灵跟随她一直来到维达驻扎的军队总部。在那里亲眼目睹了冷酷的继父和其党羽每日做恶还以此为乐，母亲又患病在床，被孤独感和目睹暴行的痛苦困扰着的奥菲丽娅开始沉浸在自己的幻想中聊以自慰，为逃避现实的无助，唯有进入想像中的魔幻世界。精灵带领她到了一个废弃的磨坊，这里是一个神秘的迷宫，关于这个迷宫还有着一个动人的故事，传说在很久很久以前，在一个神秘的没有谎言和痛苦的地下王国里，住着一位嚮往人类世界的公主，她一直梦想可以亲眼看到蔚蓝的天空，亲身感受柔和的微风，以及可以无忧无虑地沐浴在阳光下。终于有一天，她躲过看守她的随从逃了出去，可是当她走出地下的时候，强烈的阳光刺瞎了她的双眼，也一天天抹去了她过去的所有记忆，她忘记了自己是谁，来自哪里，身体则饱受现实世界的寒冷以及疾病和疼痛的折磨，最后公主死了。可她的父亲——地下王国的国王始终相信自己女儿的灵魂总有一天会回到他的身边，她只是藉由另一个人的躯体，存在于不同的地点，不同的时间里，最终会回到地下。

国王就这样一直等着自己女儿的灵魂，直到生命的终结、直到世界的终结。据说公主最后回到了她父亲的王国，并用她公正和善良的心，统治了这个国度很久很久，她的子民都十分爱戴她。精灵带领奥菲丽娅来到的地方正是传说中的冥神为她女儿回去留下的入口，而迷宫的守门人——长着山羊犄角和透明眼珠的半兽人法翁正在等待她的到来，幻想中的秘境原来确实存在。更令奥菲丽娅惊喜的是，法翁告诉她，她就是那个地下王国走失的公主，但要重回她的王国，奥菲丽娅必须在迷宫接受三个挑战。他给了奥菲丽娅一本书，让她一个人的时候照着书上说的完成任务。第一个任务是解救一颗古树，因为有一只古蟾住在树的根部，古树濒临死去。为了完成这个任务，奥菲丽娅弄髒了母亲给她的新衣服。而在完成第二个任务的时候，奥菲丽娅因为没有经受住诱惑而失败，还差点搭上性命。此时他的继父也在地上加紧了更疯狂的扫蕩攻势。地上地下，与恶梦的斗争模糊了幻想与现实的界限。在接受最后一个考验时,意外发生了，奥菲丽娅最终在自己美好的魔幻世界中微笑地死去。

吉尔莫·德尔·托罗对西班牙内战和佛朗哥时期的独裁统治一向很感兴趣。对于这部《潘神的迷宫》，吉尔莫·德尔·托罗最初曾打算在他执导的《鬼童院》的基础上再创作，但当时他忙于执导《刀锋战士2》，于是想法被搁置了。后来《潘神的迷宫》重现在他的脑海中鲜活起来，他决定改变初衷，将《潘神的迷宫》写成童话。

吉尔莫·德尔·托罗和相识20多年的好友阿方索·卡隆一起讨论创作该片的想法，卡隆非常喜欢他的创意，而且製片公司其他几位製片人希望吉尔莫·德尔·托罗能够拍摄这部影片，而且对他的创作不做任何限制。吉尔莫·德尔·托罗在影片拍摄前，将有关影片的笔记和草图整理成册。他曾将关于《潘神的迷宫》的笔记丢在计程车的后座上，并自以为前功尽弃了。后来是计程车司机几经周折找到了吉尔莫·德尔·托罗，把本笔记还给了他，吉尔莫·德尔·托罗将此事看作幸运的恩惠，更加坚定的要完成该影片。

影片的筹备工作是很迅速的，在2005年短短3个月间全部就位，而其中的布景和人物设计很早就展开了，摄影指导吉勒莫·纳瓦罗和製作设计师尤吉尼奥·卡巴莱罗协同导演用了一两天时间就完成了布景设计，包括木偶、传统化妆术和CGI等。并在剧本完成之后又添加进不少内容。吉尔莫·德尔·托罗在该片中的视觉风格深受绘画和插画的影响，特别是莱克海姆的风格在《潘神的迷宫》中起着重要作用。

潘神的造型比较特别，它的服装由海绵材料製成，而羊角则是用玻璃纤维製成。道格·琼斯每天的上妆时间都要长达5小时，在表演时，琼斯只负责潘神头部下半部的动作，眼睛和眉毛的动作则由镜头外的木偶操控师来完成。道格·琼斯穿那件十分複杂的潘神的戏服时用了五个小时，他只能透过鼻子附近的小孔看外面，以判断自己当前处于什幺位置。

影片于2005年6月开拍，全片拍摄共耗时11周，取景地点包括马德里及其郊区。因为当年夏季是西班牙近10年来最乾旱的一年，所以影片的拍摄也受到不少影响。吉尔莫·德尔·托罗回忆说，放眼望去，一切都处在乾旱和枯黄中，他们必须在背阴区域附近拍摄，即使在那里植物也只会存活数周，在影片拍摄时，很多绿地都逐渐因乾旱而死去。

影片中的魔境处处透露着幽暗古怪和慑人心魄，无论人物造型、道具装饰、一草一木、阴森可怖的地下洞穴，甚至画面本身的质感，都有一股邪恶又迷人的魅力，半人半羊的潘神、癞蛤蟆和灰色骷髅人，超现实的扮相令人望之生畏，集中体现了德尔·托罗关于光明背面那个奇幻世界的遐想和热爱。该片的整体质量近乎完美，如果非要挑点毛病，那就是背后的隐喻却交代得还不够清楚，不同的观众会有不同的理解，导演完全可以把故事讲得再通俗透彻一点。（时光网评）

《潘神的迷宫》最让人着迷的是它同时讲了两个截然不同的故事。一个充满了瑰丽的狂想，幼稚却美好；另一个却血腥而冷酷；两者相互渗透、拼合在一起，构成了该部魔幻作品。影片始终以黑色调的油画质感协调了魔幻王国曆险和现实中的反法西斯斗争，让观众通过小女孩童真的视角在现实和超现实的不同邪恶之间游走自如。（腾讯娱乐评）

该片是一个暗黑系的童话故事，但该片比那些电影揭露的更赤裸，也带有更浓的讽刺意味。不论是在游戏类的剪影风还是在绘画摄影等艺术作品里，暗黑系出现的越来越频繁。它们以既苦涩又刺激的方式，时刻点醒着人们珍视身边的美好。（网易网评）

《潘神的迷宫》是一部奇怪而且瑰丽的电影，首先它是一部战争片，其次是一部魔幻片。影片中有两个平行的世界，一个是奥菲利亚生活的现实世界，这是一个充满了战火和疼痛的地方；还有一个是奥菲利亚幻想出来的世界，在那个世界里他可以冒险、可以得到一丝慰藉。可是在吉尔莫·德尔·托罗的执导下，美丽童话世界根本不存在，童话和现实一样残酷无情。这两者交织在一起，产生了扭曲和拧巴的世界观。恰恰是这种有些变态的观点，让人们看到了美丽和奥菲利亚内心真实的感情。导演并没有在影片中直接反战，只是通过残酷童话表达了战争对儿童心理的影响。一个美丽的童话，一场游击军反击法西斯的战争，两者交织在一起，扭曲而美丽。但这样扭曲的魅力让人看到一种感人的力量。（英国电影杂誌《帝国》评）