两堡均跨越曾文溪两岸，南岸地区均隶属台南厅，北岸地区均隶属盐水港厅。当时善化里东堡的北边为赤山堡，东南为善化里西堡东部飞地，南边为新化北里，西边为善化里西堡本部地区，西北端为蔴豆堡。1913年至1915年（大正二年至四年），善化里东、西堡行政区调整，曾文溪以北各庄改隶善化里东堡，以南各庄改隶善化里西堡；同时亦将位于溪北的新化东里蒙正庄改隶善化里东堡。调整后的善化里东堡範围包括原有东堡之溪北地区及西堡之东部飞地，包括今官田区东南部、大内区大部分地区及六甲区东南端一小块地区。其北边赤山堡、哆啰嘓东顶堡，东边及东南边为楠梓仙溪西里，西南边为新化东里，西边为新化北里、善化里西堡。