澎湖县政府是台湾省（虚级化）澎湖县的最高行政机关，在中华民国政府架构中属于县政府位阶。由于西元1998年将台湾省政府移除“自治法人”地位并简併改组为行政院派出机关（有“政府”之名，而无政府之实），称为精省、冻省或台湾省虚级化，表面上是直隶于台湾省政府，但事实上是直隶于行政院管辖。