2013年3月，泸州医学院启动更名“四川医科大学”工作，并将其列入学校“十二五”发展战略的重点工作之一。泸州医学院建立了8个专项工作小组具体负责材料撰写等工作任务，各小组组长均由该校领导担任。

2013年年6月，四川省副省长黄彦蓉召集泸州市、四川省教育厅、学校主要负责人召开专题会议，研究同意学校更名四川医科大学列入四川省政府“十二五”规划。7月，泸州市委书记蒋辅义带领市发改、国土资源、住建、环保、卫生、教育、国资、体育等部门负责人，到泸州医学院城北校区调研工作，现场解决问题。他要求，要拿出超常规举措，落实专人负责，跟蹤盯紧各项报件的审批，“泸州医学院更名为四川医科大学一事必须成功”。事实上，泸州市委其后还专门成立了“推进泸州医学院新区建设和更名工作领导小组”，蒋辅义亲任组长。

2014年，更名成了泸州医学院全校整年的中心工作。4月21日，泸州医学院发给四川大学的函件，里面称：“泸州医学院根据事业发展的需要，拟将学校更名为‘四川医科大学’，经核查该名称与贵校华西医学中心历史上所使用过的‘华西协和大学’、‘华西大学’、‘四川医学院’、‘华西医科大学’名称不重合，请贵校大力支持我校更名工作。”

2014年5月27日，四川大学校务会对泸州医学院更名问题进行了研究，明确做出了“不同意给予泸州医学院证明”的决定，并专门给泸州医学院回函表明立场，同时将回函抄送给四川省教育厅。

2015年2月26日，教育部官网发布《关于2015年新设定高等学校和经过筹建“去筹”正式设立高等学校的公示》，泸州医学院更名“四川医科大学”也在公示之列，公示期20天。教育部称，公示期间从未收到任何单位和个人反映不同意见。

2015年4月28日，教育部发函同意泸州医学院改名“四川医科大学”。其后，新校门、新校徽、新公章、新官网陆续发布。

这一更名引起四川大学华西医学中心海内外老校友的反对。随后，将近900名老“川医”校友在给教育部长的公开联名信后署名，其中30%来自海外。他们要求撤销这一决定。

2015年6月6日，“四川医科大学”的新校牌正式授予，泸州市委市政府还为该校颁发了总额为1亿元的“高端人才引进基金”。6月11日，该校发布公开招聘公告，招聘教学、教辅工作人员等总计80人。

2015年6月9日，四川大学也正式向教育部发函，表态“不同意泸州医学院更名为四川医科大学”。四川大学校长办公室有关负责人还透露，校方如今“已正式向教育部提起行政複议”。

2015年6月16日，南方都市报以《泸州医学院更名四川医科大学 四川大学发函反对》为题进行报导，引发舆论关注。

2015年6月17日下午，教育部派专人到四川大学听取意见，川大提出“为何在川大明确答覆不同意的情况下泸州医学院仍坚持使用此名”、“为何泸州医学院更名专家评审委员会中无川大医学权威”等质疑。

2015年6月19日，教育部新闻发言人续梅称，针对该起行政複议，教育部规划司等相关部门正在研究，听取多方意见，暂未有明确结果。

2015年6月27日，四川医科大学（原泸州医学院）学生中传出讯息称，教育部要求将其校名改为“四川第二医科大学”。

2015年6月28日，网友上传的图片显示，多名四川医科大学学生表达观点，“扎根基层服务全川实至名归有何不可”、“竭尽全力捍吾川医大”，有的还表示“四川医科大学学生会全力捍卫我校更名成果”，还有不少学生说要“坚决捍卫合法合理的四川医科大学”。从图片能看出，有些学生在挥舞胳膊，情绪激动。

2015年12月14日，教育部发函（教发函[2015]144号）同意四川医科大学更名为西南医科大学。

2016年1月17日，四川医科大学再次更改，新校名：“西南医科大学”的招牌挂上。相对上次更换校名的八方朝贺，此次，泸州医学院显得低调，但依旧无法阻止校名的再掀波澜。网友“华西川医”在微博上发布了多张显示为“西南医科大学”校名招牌的图片。图片中学校门口的公交站牌显示，泸州市222路、236路、288路公车在该站点的站牌已经写上了“西南医科大学”的新站名。

2016年1月19日，多个讯息源显示，作为第三军医大学附属第一医院的西南医院，势必反对这一更名。

2016年1月26日，教育部相关负责人对泸州医学院再次更名事件中的热点问题作出了解释：1、考虑到高校校名之间历史和传承关係以及区域高等学校布局结构实际情况，为维护相关高校合法权益与教育系统和谐稳定局面，同时从贯彻十八届五中全会精神，增强高等教育服务西南地区基层医疗卫生事业发展能力，最佳化区域高等教育布局出发考虑，所以同意四川医科大学更名为西南医科大学。2、变更为‘西南医科大学’并不意味着学校层次规格的提高，而是反映了教育部和四川省希望该校利用其地域优势，发挥其办学特色，更多承担服务西南地区基层医疗事业的功能定位。3、针对此前“泸医”更名为四川医科大学时曾予以公示，而此次更名却未见公示一事，根据有关法律法规的规定和要求，“四川医科大学”更名为“西南医科大学”属高校名称同层次变更，由教育部直接审批，并无公示的程式要求。

四川大学华西医学中心前身为“华西医科大学”，再往前的名字为“四川医学院”，简称“川医”。泸州医学院改名后的简称与此相似，而‘川医’是社会对华西的公认品牌，故“川医”老校友认为这会抢走“川医”的名头，侵犯了母校的权益，更名后还可能导致社会公众产生四川大学没有医学学科的误解。同时，由于四川医学院的英文名“Sichuan Medical College”与四川医科大学英文名“Sichuan Medical University”极为相近，对于身在国外的川医校友来说，学历认证将会存在极大困难，甚至需要四川医科大学（原泸州医学院）方面出具证明。

中国人民解放军第三军医大学第一附属医院始建于1929年，1950年更名为“西南医院”。“西南医科大学”校名一旦出现，更名后还可能导致社会公众产生西南医院为西南医科大学附属医院。可能将对普通公众造成许多现实的不便，无论是患者寻医问诊可能走错医院，或是学子高考报名因校名难辨而大费周章，都将给第三军医大学带来不必要的困扰。更令人不安的是，更名可能造成西南医院六十余年的声誉“被动易主”。

2015年4月28日，教育部正式批准升格为多科性本科院校并更名为四川医科大学。随后因四川大学原华西部分海外校友以“川医大”简称可能混淆原“四川医学院”的“川医”简称为由，促使四川大学向教育部提出行政複议申请。经多方反覆协商，最后各方形成“承认四川医科大学办学历史，将四川医科大学平稳过渡更名为西南医科大学”的一致性意见：过渡期间，在校学生可自主选择四川医科大学或西南医科大学毕业证；同时四川大学将对西南医科大学给予学科建设，人才培养等方面的支持。

泸州医学院称，在四川省历史上从未有任何学校使用和注册过“四川医科大学”这一名称，其完全符合国家高校设定和《国家事业单位登记管理暂行条例实施细则》的命名原则。该校强调，自己的更名被四川省列入了全省“高校设定十二五规划”，是经自己申请，四川省政府组织专家考察，并同意上报教育部，最后才得到批准的。该校认为，更名是促进川滇黔渝结合区域经济社会发展的需要，有利于学校在更高平台上汇聚更多优秀人才，有利于学校加强国际交流合作。

泸州医学院党委书记廖斌不愿参与讨论，他回复称教育部和四川省政府正在处理此事，在合适的时候会向社会和媒体做一个书面回应。

泸州医学院官方尚未发布更名的公开信息，该校官方网站上仍然显示为“四川医科大学”的校名。四川医科大学相关负责人对记者表示，感谢媒体关心，但对于更名一事，不方便回答媒体问题，“我们是按照省政府的统一部署在进行相关工作。”

教育部指出，泸州医学院是四川省属高校，四川省政府提出将其改名为四川医科大学，符合《高等教育法》、《普通高等学校设定暂行条例》、《普通本科学校设定暂行规定》等法律法规和政策的精神。同时，教育部认为‘四川医科大学’校名历史上没有使用过，校名与‘四川医学院’和‘华西医科大学’的名称存在明显差异，更名为‘四川医科大学’并没有不妥之处。

教育部还表示，根据四川省政府设定申请，按照国家规定的“大学”设定和审批程式，经全国高校设定专家委员会专家考察和评议，教育部对泸州医学院更名四川医科大学进行了审批，并在批准设定前向社会进行了为期20天的公示，其间从未收到任何单位和个人反映不同意见，所以最终发文批准泸州医学院改名为四川医科大学。

后经多方协商，四川省申请将四川医科大学更名为西南医科大学。教育部考虑到高校校名之间历史和传承关係以及区域高等学校布局结构实际情况，为维护相关高校合法权益与教育系统和谐稳定局面，同时从贯彻十八届五中全会精神，增强高等教育服务西南地区基层医疗卫生事业发展能力，最佳化区域高等教育布局出发考虑，变更为西南医科大学并不意味着学校层次规格的提高，而是反映了教育部和四川省希望该校利用其地域优势，发挥其办学特色，更多承担服务西南地区基层医疗事业的功能定位。所以教育部同意了四川医科大学更名为西南医科大学。

泸州医学院此次改名属鸠占鹊巢，会损害老“川医”的学校名誉。除此之外，校友特别是海外校友的实际利益也受到影响。

在国外，培训完的医生若需换教学单位或者申请到新医院工作，都需要提供原医学院证明和成绩单。这所大学的频繁更名，已严重影响到校友，尤其是毕业证上写着“四川医学院”的那32届医生。

纽约一位“川医”校友称，需要学历认证时，他只能让家属带着证件回四川大学办理相关手续。该校友跟国外的诸多校友都认为，如果泸州医学院改名成功，以后就更难向外国人解释学历的问题，所以海外的校友首先表示反对，国内的校友也纷纷跟进。

还有老校友认为，更名就是为了招收更多学生，以获取更多的教育资源。一位国内校友称，每个大学事实上都有类似争取更多资源的诉求，靠自己努力无可厚非，“但不能损害到别人的利益啊，特别像我们‘川医’这种老牌名校，需要更多保护”。

“四川医科大学”的简称易与华西医科大学(2000年9月已併入四川大学)历史曾用名“四川医学院”的简称“川医”混淆，而“川医”是社会对华西的公认品牌，更名后可能导致社会公众产生四川大学没有医学学科的误解。

更名对四川大学及其医学学科造成了严重的消极影响，对四川大学海外医学校友的学历认定和执业等带来巨大影响，也会对四川人民民众医疗卫生服务方面的信息交流带来很大混乱和不便。

泸州医学院更名带来的混乱将直接损害中国高等教育改革的成果，直接动摇四川大学合校15年来的成果和来之不易的稳定局面。

一封名为《中国人民解放军第三军医大学致信教育部长：反对四川医科大学更名西南医科大学》的帖子在网路快速传播，已有不少专家、教授和医生通过微信朋友圈转发该信函内容，并明确表示，反对更名。西南医院多名不愿透露姓名的教授表示，从知晓泸医有可能更名西南医科大学的讯息后，大家一直持反对观点。

2016年1月18日-20日，西南医院王正国、孔祥复院士先后上书教育部反对泸医更名“西南医科大学”。

2016年1月26日，西南医院在官网发了声明：坚决反对四川省“泸州医学院”更名为“西南医科大学”，并已通过第三军医大学向国家教育部申请高校更名行政複议。

专家们认为泸州医学院的改名是符合相关规定的，从法律层面上来讲没有什幺问题。

法律专家称，四川医科大学与华西医科大学、四川医学院名称存在明显的不同，不会造成社会和公众的误解。国内有不少高校名称类似都没有出现问题，比如北京工业大学和北方工业大学、哈尔滨工业大学和哈尔滨工程大学、中央美术学院和中国美术学院，这些高校的校名就一字之差，也没有引起公众和社会的混淆。

法律专家认为，国内以前从来没有四川医科大学的校名，四川省从高等教育发展和布局考虑，申请将泸州医学院改名为四川医科大学，通过相应的专家组考察，进行了公示，履行了相关手续，程式完备，没有违规之处，具有相应的法律效力。