私立美滨学园。乍看之下是间普通的学园，但却因为“某种原因”而只有5位学生。而这里转来了第6位学生──风见雄二。个性异变的学生们和不输给她们，拥有强力灰色自我的风见雄二。在随着互相接触下对彼此也慢慢地有所理解，也随着一些些的干涉，也对彼此的内心造成了影响。她们那段被过去所囚禁的物语，现在开始动了起来。

在坂下引发的骚动之后过了一年的某个夏日。雄二在为了升进的考核调查中，前往市谷的JB之处。在与她的面谈中，追求自己成长经历的雄二，开始了追寻记忆之旅。由于意外事故而去世的最爱的姐姐。如同追随她一般踏上旅途的双亲。收养了天涯孤独的他的最糟糕的男人。以及——。自幼年时到现在，自己所邂逅的，并一同度日的人物们的记忆，雄二淡然地诉说着这些。造就了“风见雄二”这一人格之物究竟是什幺呢。这一谜题的答案，如今即将揭开。

雄二的身影突然自学园消失。如往常一般等待着他的归来的少女们，下一次看到他的身影，是在他被报导为恐怖事件主谋的电视画面当中。自那以来，雄二忽然间去向不明。相信着他平安无事且无辜的少女们，为了夺迴风见雄二，抛弃了自身的安宁而行动起来。在少女们所前往之处存在着的，是命运，抑或是——。

日美联合反恐组织“防卫省中央调查部谍报2科分室”通称CIRS（Central Intelligence and Research Second）在海上油井爆炸事件（《灰色的乐园》结局的希斯·奥斯陆事件）后因被公之于众而重组为SORD（Social Ops,Research & Development）。以培育国防人才为目的的SORD与全国各地的学校展开合作。废校后被闲置的“美滨学园”被个人所收购，成为了“特殊技能训练校”。在这样的校园中，因各种理由而失去了容身之地的少女们被授予了武器。以国防的名义，她们被派遣执行一个又一个危险的任务。“—— 我们被赋予在世界上的容身之处。但仅仅那样是不够的，躲在别人的背后活着毫无意义。所以，依靠自己的力量，为生存而战斗。只有倖存者才有活着的资格——“无论遭受何等苦难却选择拿起武器继续战斗的少女们的未来是·····

灰色：幻影扳机