其前身是1786年成立于曼彻斯特的曼彻斯特学会（Manchester Academy）。最初由英格兰长老会运营，仿效沃灵顿学会，是一个异议学会（英语：dissenting academies），给宗教异见人士提供高等教育，也一度是英格兰唯一不收英国国教教徒的高等教育机构。

1786-1803年学院位于曼彻斯特，在进入牛津之前，该学会五度改变校址。

1804年左右的第一次搬迁是因为时任校长，一神论派Charles Wellbeloved不肯从约克前往曼彻斯特就任，于是学院反过来前往约克。最初查理斯负责教授所有课程，一年之后才增加教员，他工作十分努力也因此积劳成疾。1840年不得不退休，于是学院才次搬回曼彻斯特。这位校长思想开明，在1809年写给乔治·伍德（George Wood）的信中，他说：

“我只传授基督教，不会教授任何一神论或其他主义。我会努力教会学生们如何研究圣经，如果他们能在其中发现一神论，很好，如果发现了万物有灵论，也很好，发现了三位一体轮也不错，他们只要为自己寻找即可。”

在查理斯的教导下，该学院公有235人毕业，其中121位是神职者，114名是律师。

1840年至1853年学院继续在曼彻斯特办学，1853年至1889年间迁往伦敦，驻于现在戈登广场的威廉博士图书馆。1893年，大学从伦敦迁往牛津，进入托马斯·沃辛顿设计的新学院建筑中，并成为牛津大学一员。