牡丹办事处成立于1995年，其前身是1984年由赵楼人民公社更名的牡丹乡，2001年与庞王乡合併成为牡丹办事处。

牡丹办事处辖20个社区居委会、12个行政村，包括80个居民小区和自然村。分别是：傲阳社区（于洼、朱楼、朱庄、佛庄、杨李庄、张海、谢庄自然村）、阳光社区（何砦、十里舖、夏庄、毛庄、楚庄、魏庄、新何砦自然村）、迎春社区（周楼、左庄、张庄、东王庄、西王庄、刘庄、罗李庄、梁庄自然村）、长虹社区（高北、高南、吴庄、金星庙自然村）、百花社区（洪庙、郝庄自然村）、国花社区（赵楼自然村）、桂陵社区（何楼自然村）、彩虹社区（伊庙、肖庄自然村）、天香社区（李集、芦固堆自然村）、金钟社区（钟路口、张胡同、刘棠自然村）、裕华园社区（张集、张庄自然村）、明星社区（邓庄、东张集自然村）、梅园社区（梅庙、毛庄、杨庄自然村）、洪福社区（洪湾自然村）、星辰社区（李大营自然村）、菊香社区（张可庄、李楼、雪洞自然村）、古月社区（胡庄、张油坊自然村）、春风社区（苏道沟、孟胡同自然村）、周花园社区（周花园、庞庄、房庄自然村）、古园社区（王梨庄自然村）、刘海村（刘海自然村）、李洪周村（马庄、邱庄、李洪周自然村）、大郭集村（大郭集自然村）、杨庄村（前杨庄、后杨庄、付庄自然村）、焦庄村（焦庄自然村）、唐庄村（唐庄自然村）、大闫庄（大闫庄、北高桥、北何庄、何王庄自然村）、庞王庄村（庞庄、王庄、陈大庙自然村）、郭楼村（郭楼自然村）、丁堂村（丁堂、卖饭棚、王庄自然村）、孔花园村（孔花园自然村）、朱管庄村（朱管庄自然村）。

主要农作物为花卉苗木、小麦、玉米、棉花等，其中尤以种植花卉苗木为主。2009年，全处农民人均实现花木收入1201元，农民人均收入达到3420元。工业经济发展较快，有企业316家，其中鲁西南纸业有限公司为规模以上工业企业。2009年，全处企业总产值达到51260万元，企业增加值12300万元，上交税金860万元，完成出口交货值1700万美元。

初级中学2处（牡丹中心中学、庞王中学）；定点国小13处（赵楼国小、张集国小、丁堂国小、于洼国小、李集国小、何砦国小、梅庙国小、大郭集国小、伊庙国小、庞王国小、大闫庄国小、大高桥国小、周楼国小）。

卫生院1处（牡丹中医院分院），村级卫生室69处。

2009年全处总通车里程为62公里，营运性农用运输汽车29辆，小型拖拉机279辆，机动三轮车215辆，总运力452吨位。已有宽频用户500余家，小灵通用户1800余名，固定电话用户8000余户，普及率达80%以上，手机普及率达30%。

牡丹办事处以盛产牡丹而得名，1995年被国务院授予“中国牡丹之乡”称号。作为牡丹的主要观赏地，全处牡丹花卉苗木种植面积已达到1.9万亩，牡丹品种1156个，每年春节期间牡丹催花均在50万棵左右，春秋季外销花木500余万株，是世界上面积最大、品种最多的牡丹生产基地、科研基地、出口基地和观赏基地。这里有曹州牡丹园、曹州百花园、曹州古今园等着名牡丹园，自1992年以来已连续成功举办的十五届菏泽国际牡丹花会吸引了大批国内外游客前来观光游览；中国（菏泽）林产品交易会常设会址——中国林展馆也座落在这里，为发展花卉经济、会展经济提供了优越的条件。