1942年，安徽省萧县中学始始建。

1944年萧县中学与永城中学合併，在萧县张庄寨创办了建设中学。

1945年，学校迁至永城县丁集。

1946年，建设中学发展到1000余师生的规模，这所和陕甘宁边区陕北公学一样的革命化学校，为革命根据地和新中国培养了方方面面的建设人才。

1948年，安徽省萧县中学校址定于萧县城南梅村， 故有梅村中学之称。

1953年，萧县中学被确定为江苏省九所省属重点中学之一。

1955年因区划原因，被确定为安徽省重点中学。

1997年，萧县实验初级中学成立。

2004年，萧县鹏程中学成立。

2016年，萧县新实验初级中学成立。

2000年4月，省教育厅正式批准萧县中学为安徽省示範性普通高中。

2017年7月31日，萧县中学国中部、龙城镇梅村国中、萧城一中国中部、萧城二中、萧县新实验国中、阳光国中、鹏程中学国中部合併组建萧县初级中学。分设城南、城北、城东、城西四个校区。

2017年8月中下旬，县政府与转制学校签订协定，并萧县初级中学各校区挂牌，确保9月1日正常开学。

截至2017年9月，萧县初级中学集团校共分设城南、城北、城东、城西4个校区。

2017年7月31日，为推进萧县义务教育均衡发展，促进教育公平，落实安徽省委巡视组整改意见,结合该县实际，萧县县委、县政府决定实施城区部分学校办学体制改革，制定印发了《萧县城区部分学校办学体制改革实施方案》。该方案提出将实验国中（新实验国中、阳光国中）和鹏程中学（国中部）由民办转为公办。此项改革以国家有关教育法律、法规和义务教育均衡发展要求为遵循，通过将实验国中和鹏程中学（国中部）由民办转为公办，从体制上解决民办学校大规模、大班额，公、民办教育发展失衡等问题，杜绝超计画招生、有偿招生、乱收费、乱补课等违规行为，推进义务教育向优质均衡发展。萧县是国家扶贫开发重点县，贫困人口众多，脱贫攻坚任务艰巨，学生在民办学校就读成本较高，民转公后，将切实减轻学生家庭经济负担。同时，根据《安徽省示範性普通高级中学评估实施方案》规定要求，将省示範萧县中学、萧城一中两所学校的高中部、国中部分离办学，推动高中教育加强管理，规範办学，真正发挥示範辐射作用，向优质示範高中发展。

这次改革后，城区部分学校重新建制，採取集团化办学模式，将城区改制国中整合为萧县初级中学集团校，变更法人登记，重新建立法人治理结构。

方案中制定了“舆论宣传、清产核资、教师安置、学生管理、安全维稳”五项工作细则，确保改制工作有序推进，平稳过渡。为保证正常的教育教学秩序，对改制学校校乾、教职工妥善安置，原则上以原学校为单元保持基本稳定。对两所民办学校教师，採取考试、考核合格后录用为在编教师或政府购买服务实行聘任制，两种方式安置。改制学校学生，在原校址原班级上课。新组建的4所学校，将积极融合公办和民办学校在管理上的成功经验，不断完善学校依法依规管理制度，细化对教师和学生的各项管理措施，确保师生在新体制下安心工作、学习和生活。

该县针对民办学校大规模、大班额，公办、民办教育发展失衡，学生在民办学校就读成本高等问题，将2所民办国中转为公办，切实减轻学生家庭的经济负担。对萧中和萧城2所学校实行初、高中分离重组，採取集团化办学模式，将城区改制国中整合为萧县初级中学集团校，分设城南、城北、城东、城西4个校区，新建法人治理结构。改制学校的学生，开学后在原校址原班级上课。对2所民转公办学校的教师，採取考试、考核合格后录用为在编教师，或政府购买服务聘任制两种方式安置。

同时，该县积极融合公办和民办学校在管理上的成功经验，完善学校依法依规管理制度，细化各项管理措施，确保改制重组工作有序推进。