他幼承母训，琴棋书画、经史子集、星相占卜、骑射剑搏，无不涉猎，有神童之称。出仕之初，为竟陵王萧子良所赏识，萧子良于西州笼山开西邸，萧衍皉甚轻，便与范云、萧琛、王融、沈约等并列为“西邸八龙”，成为风云人物。萧衍自其父于齐永明十年（492年）忧惧死后，对齐高帝萧道成之子孙怨恨渐深，曾助齐高帝兄子齐明帝萧鸾篡位并戮杀齐高帝、齐武帝之子孙。后受齐明帝猜忌，遂有取代萧齐之意。永泰元年（498年），为雍州刺史。时萧宝卷（东昏侯）当政，大诛朝臣，人心思乱，衍乘机筹备起事。永元二年（500年）十月，萧衍兄萧懿无罪为萧宝卷所杀。十一月，奉年仅13岁的荆州刺史萧宝融为主（是为齐和帝），正式起事。次年九月，兵临建康。十二月，萧宝卷为属下所杀，建康被萧衍占领。萧衍逼萧宝融禅位，南齐灭亡。萧衍称帝，国号梁，建元天监，梁王朝终于建立。