长江口这一丰富的自然资源，引起了各级政府和专家的高度重视，为科学保护和合理利用长江口北支湿地资源，实现社会、经济和环境的可持续发展，早在1989年，启东市人民政府就建立了全国首家县级自然保护区——兴隆沙鸟类自然保护区。江苏省环保厅于2000年拨专款建造了长江河口生态环境监察站，并委託南京大学城市与资源学系、环境科学研究所和生物科学与技术系共同完成了这项规划。该项规划已部分实施，于2002年11月在长江口北支江苏省启东市境内建立省级河口湿地自然保护区，江苏省人民政府于2002年11月5日以苏政复[2002]126号文《省政府关于同意建立启东长江口北支湿地省级自然保护区的批覆》批准了南通市人民政府的请示。启东长江口（北支）湿地省级自然保护区的建立，填补了中国亚热带向暖温带过渡的大河口地区湿地研究和江苏省淡水河口湿地自然保护区建设的空白。该保护区的建立，对于保护湿地生态系统和珍稀野生动物，维持长江水产资源的可持续利用具有极为重要的意义。同时，对于掌握长江口湿地生态系统的演变规律也具有极为重要的科研价值。

2003年6月，启东组建了启东长江口(北支)湿地省级自然保护区管理处，投入资金近千万元，开展日常观测和管理工作。种植了成片的防护林带，改善鸟类生存环境；有针对性地调整管护措施，确保珍稀资源生存；加大力度打击违法猎捕野生动物的行为。为更加科学、合理地建设好、管理好、保护好自然保护区，2005年启东市委託南京林业大学对自然保护区的资源进行科学考察，编纂了自然保护区範围及功能调整的规划。在沿江开发和招商引资过程中，启东首先考虑湿地保护。不管项目多大、效益多高，只要影响到湿地保护的，一律不予审批，以确保湿地生态安全，做靓湿地生态名片。同时拟规划建立国家自然保护区，中远期将建成有典型河口类型的湿地自然保护区，以保证长江口湿地的可持续发展。根据对国家自然保护区的相关要求，启东市正加紧对现有的自然保护区和拟建保护区进行勘测，把长江口以北的一部分海滩湿地划入保护区核心区範围，扩大河口湿地生物保护範围。目前，筹建保护区管理站和自然科学教育基地的工作也已全面展开。