农业部沼气科学研究所成立于1979年，直属中国农业科学院，地处四川成都，是中国沼气领域集研究、技术开发和培训为一体的国家级科研机构。

研究所担负着国家有关农村能源及环境保护方面重大基础及套用研究任务，主要承担以沼气为主的农村可再生能源以及农村能源与农村环境治理、农业生态修复交叉领域的基础和套用基础研究、前沿理论研究、重大关键共性技术研究等公益性科研工作以及相应的技术示範服务、培训工作。

截至2014年5月，研究所共有在职职工114人，正高级13人，副高级26人；下设4个研究中心，1个农业部质量监督检验测试中心、1个农业部重点实验室、1个农业部工程设计所、1个农业行业职业技能鉴定站、3个四川省科技创新平台、1箇中国农业科学院研究中心、2个所属科技公司；拥有学术学位二级学科博士点1个、学术学位二级学科硕士点5个、专业学位硕士类别1个。