首进为前殿，中间为戏台、谯楼，后进为后殿。前、中、后殿，面阔三间，进深七柱，单檐歇山顶，穿斗式木构架。两殿中间戏台，有四根石柱和四块长方形石栏浮雕，戏台顶藻井、天花绚丽，斗拱、驼峰、雀替等木雕均描金；两边谯楼精雕细刻，结构严谨。

历史上，高爷庙曾是福州五帝信仰的一个中心，为福州着名的“九庵十一涧”中的第一涧。高爷庙与乌山石塔会馆同为南涧，俗称高爷庙为上殿，石塔会馆为下殿。目前，庙内尚存有清乾隆间的石香炉两个，上刻有“南涧”、“上殿”字样。高爷庙祀奉桂宫高真人，祖籍兴化府，一生行医济世，于妙峰山得道，晚年羽化于乌山丹台。

1860年10月，有一个叫做特德·法朗西斯·琼斯美国青年来到福州，琼斯用相机拍摄下48幅福州风景照，记录下了他对福州的情感，也为我们留下了珍贵的影像。其中最出名的一张相片，是拍摄于1870年左右的以福州双塔为背景的南门兜一带，相片前封火墙与燕尾脊错落交织的建筑群，就是高爷庙。

1992年公布为市级文物保护单位。该景点于2012年5月修复完成对外开放。寺庙同时作为鼓楼区安泰街道文化站承担民俗文化活动。