该站位于中关村北大街与成府路交汇丁字路口，北京大学东门。沿中关村北大街呈南北向布置。

此车站最初规划阶段为“成府路站”，这个站名不能确切地表明其具体地理方位，北京大学校方建议，改为“北大东门站”或“燕园站”，捷运建设单位根据命名相关细则最终站名确定为“北京大学东门站”。

该站是地下二层车站，地下一层为避开路面以下地下既有管线採用分离式站厅，地下二层是站台层，岛式站台设计。

北京大学东门站站内立体图

为避免捷运车辆运行产生的振动对北京大学东部区域的实验区域大量精密仪器工作产生的影响，在捷运线路北京大学东门区段内採用“钢弹簧浮置板道床”，使捷运列车经过该区段轨道时的横向振动，经轨道下弹簧的吸收后，儘可能改变成沿轨道纵向振动，从而最大程度地降低振动干扰。

站厅层设有客服中心、自助售票机、查询机、2处自动ATM提款机；站台层南侧设卫生间1个，还设有候车椅、多媒体乘客信息查询系统机，可查询公告信息、乘客须知、周边环境、首末车时间、新闻等。悬挂显示屏显示电视转播、本次列车及下次列车到达时间等。

北京大学东门车站内装饰壁画选取了北京大学具有历史代表性的标誌性元素，构成了站内壁画的主体物象，湖水树石穿插其中，烘托出百年老校的庄重校园气氛及文化底蕴。

该站共有4个出站口：A西北口、B东北口、C东南口、D西南口，分别位于丁字路口四角。

开往安河桥北：5:50-23:50

开往天宫院：5:09-22:29（全程）-22:54（终点站公益西桥）

中关园站：307(巴沟村-回龙观公交场站)、355(廖公庄公交场站-育新小区)、365(永丰公交场站-闵庄南里)、498(中央党校北门-新街口豁口)、549路(四通桥东-厢白旗桥)、579(颐和园-杏坛路南口)、601(祁家坟-捷运北宫门站)、614(单村-大钟寺)、681(龙锦苑公交场站-海淀中街)、696(香山-黄港村)、697(菜户营桥东-西苑)、699(巴沟村-回龙观公交场站)、717(菜户营桥东-捷运西二旗站)、982(北京西站南广场-土井村西口)、特4(国防大学-前门)、特6(北京西站-韩家川南站)、特18(西苑枢纽站-北京西站)、运通105(中苑宾馆-上地五街东口)、运通110(半壁店-来广营北)

中关园北站：331(香山-新街口豁口)、365、375(韩家川-西直门北)、429(志新桥西-东北旺中路)、438(西直门北-永丰公交场站)、498、562(中央党校北门-北太平桥西)、579、594(颐和园北宫门-望京桥西)、601、614、681、717、982、特4、特6、特19(西苑枢纽站-北京西站)、运通105、运通126（厢白旗桥-上地六街东口）