深湾站位于白石四道与深湾四路的交叉路口，车站平行白石四道东西向布置，位于深圳南山区着名观光游览区，毗邻锦绣中华，世界之窗，欢乐海岸，深圳湾公园等景点的中心位置。

深湾站为地下车站，共设有4个出入口。车站设有自助充值机设备，为乘客出行提供便利。