湿地公园划分为生态保育、恢复重建、科普宣教、合理利用、管理服务五个功能区，其中生态保育区占主体，面积多达524公顷，包括黑水河规划区的大部分河道、岛屿、河岸洲滩及那岸村两侧山峰，通过植被、水质、野生动物栖息地保护等措施，保护现有的水源涵养林、自然水系及湿地生态系统。