中华人民共和国农业农村部农村合作经济指导司的主要职责是协调推进乡村治理体系建设。监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理。指导农村集体资产和财务管理、农民合作经济组织和农业社会化服务体系建设。起草农村宅基地管理和使用相关法律法规草案及政策，指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标準、违法用地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用。

中华人民共和国农业农村部农村合作经济指导司的内设机构有：综合处，乡村治理指导处，合作经济处，社会化服务处，宅基地管理处，宅基地利用处。

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