首任所长马剑敏博士和副所长李学军博士均长期从事水域生态和生态修复、水产养殖等方面的研究，曾参与了国家八五科技攻关项目“武汉东湖污染综合防治技术”和十五国家重大科技专项子课题“受污染城市水体修复技术与工程示範”等多项国家和省部级项目，负责和参与了多项生态工程的设计、谘询和建设，以水域污染的控制与生态修复、水生态（包括水产养殖）规划等方面见长，具有丰富的实践经验。