江湖传闻六指黑侠被“流沙”组织首领卫庄暗杀。而荆天明、高月、公输仇在墨家禁地的石牢之中赫然发现一具枯骨。这具遗骸有六根指骨，但是多出来的小指断了半截。公输仇认为，此人正是六指黑侠，那根断指是六指黑侠与卫庄交手时受的伤，六指黑侠因为遇到了难以解决的难题，而选择进入墨家禁地历练，结果死于禁地的石牢之中。

动画第4部最后一集中，根据卫庄所遇见的一位神秘黑衣人的话语，韩非、荆轲、燕太子丹、六指黑侠的死因均与阴阳家所研究的“苍龙七宿”的秘密有关。

阴阳家焱妃猎杀六指黑侠

动画第5部第16和第31集中，揭示了六指黑侠的真正死因：燕丹再三恳求六指黑侠能带领墨家协助自己的刺秦计画，但六指黑侠认为此事难成，一旦失败必将引发战乱，使百姓受苦，因此坚持拒绝合作。阴阳家焱妃为了丈夫燕丹达成心愿，而私下用六魂恐咒暗杀了六指黑侠。在六指黑侠咒发身亡前，焱妃又找来卫庄将六指黑侠打败，因此世人皆将六指黑侠之死视为“流沙”所为，却不知此事与阴阳家的关係。