2001年，中华人民共和国政府决定在福建省决定建设一条城际间快速铁路通道——福厦铁路，途经莆田市设站。

2004年7月，经中华人民共和国国务院批准，福厦铁路正式立项。

2005年7月，中华人民共和国国家发展和改革委员会批准《福厦铁路可行性研究报告》，在莆田市秀屿区笏石镇设定莆田站。

2007年，原中华人民共和国铁道部规划铁路地级市全覆盖，新建西起江西省南昌市至福建省莆田市铁路终于莆田站，为国家一级快速铁路干线，工程名字为向莆铁路；同年11月24日，江西向塘至福建莆田铁路开工建设。

莆田站启用（货运）

2008年11月23日，莆田站站房建筑设计方案经原中华人民共和国铁道部审查通过。

2009年5月22日，莆田站站房工程举行开工典礼；同年12月31日，莆田站投入货运运营。

2010年4月26日，莆田站投入客运运营。

2013年1月，新建的江西向塘和福建莆田之间的向莆铁路被原中华人民共和国铁道部正式命名为昌福线和永莆线，永莆铁路终于莆田站；同年9月30日，昌福铁路、永莆铁路竣工通车，莆田站成为福厦铁路与永莆铁路的枢纽站。

2015年10月22日，根据新建福州站（含）至漳州站（含）客运专线大致确定的走向和沿途设站规划，莆田站为其途经站。

●设计理念

莆田站设计借用莆田滨海特色、妈祖文化特色、对台特色以及莆田民俗风格，外立面为玻璃幕墙，内装饰以福建花岗岩及铝板为主要材料，总体造型有“妈祖文化”、“闽南文化”、“海滨文化”等元素。

莆田站站房

截至2010年4月，莆田站总建筑面积3.0522万平方米，售票大厅约500多平方米，雨棚面积3.47万平方米，建筑总高度31米；设计最高聚集旅客数5000人。

截至2010年4月，莆田站站房採取线侧平式，竖向分为出站层、站台层和进站层三个层面，其中出站层为一层地下室。莆田站左侧售票大厅共设定了13个人工售票视窗。莆田站的检票口设在候车大厅靠站台的一边，其中一楼有5个检票口，二楼有5个。

截至2017年1月，莆田站出站设有综合交通枢纽，地下一层设有商业设施，地上一层为候车大厅，二层为办公区。地上三层、四层暂未投用。一层候车厅设10个检票口。

截至2010年4月，莆田站拥有3台10线，设到发线10条，基本站台一座和中间站台2座，途经莆田站的线路有福厦铁路和永莆铁路。

截至2019年2月，莆田站售票大厅设定了3台铁科院老式取票机（代号：151、152、153）、5台铁科院新式取票机（代号：156、157、158、159、160）和1台铁科院自动售取票机（代号：121）、3台易程自动售取票机（代号：122、123、124），此外，公交出站口设定1台网新自动取票机（代号：154）；站内1层服务台旁设定1台网新自动取票机（代号：155）。自助售票机採用触控萤幕技术，操作后旅客可根据系统提示便捷购票。

截至2010年4月，莆田站在售票厅内设有临时制证视窗。

●刷脸进站

截至2019年1月，莆田站出发层设有自助验证快速通道，“刷脸进站”的实名制验证快速闸机，该通道集验票、验证、验人、检票四大功能于一身，持有效的二代居民身份证的旅客，通过人脸识别就可自助进站。

●候车室设施

莆田站交通枢纽一层的候车厅配有母婴室、贵宾室、商铺、卫生间、茶水间、医务室、小件暂存等配套设施，方便各类旅客候车。

2014年铁路春运，莆田站累计传送旅客40万人次。

2018年铁路春运，莆田站旅客运输量为145.7501万人次。

截至2017年1月，莆田站出口地下通道行至交通枢纽设有公交候车区，共20条公交线路。

截至2017年1月，莆田站站前广场设有计程车接送点。

据2016年4月莆田新闻网发布的信息显示，新建福州站（含）至漳州站（含）铁路途经莆田站，莆田站将新建一座北广场，与既有的南广场相连通。此外，北广场设2个站台6条线路，专门用于高速动车通行。现莆田站设3个站台10条线，进站天桥、出站地道各一座。新建站台形状为岛式结构，长度为650米，候车厅则利用现有的莆田站站房，可容纳8000名旅客候车；新站台建成后，原先的天桥、地道将延长至新建站台处，将通过天桥直达高速动车站台。

莆田站使莆田融入海峡西岸经济区的一条重要生命线，承载着莆田人民腾飞梦想的沿海大动脉，犹如一条气势如虹的钢铁巨龙，让莆田人民的百年夙愿成为现实。莆田站有力地推动湄洲湾港口城市持续提升、蓬勃发展，有力地推动海峡西岸经济区趁势而上、加快发展，有力地推动海峡两岸交流合作、繁荣发展，为促进祖国和平统一大业作出更大的贡献。（《湄洲日报》 评）

莆田站广场

莆田站使妈祖故里莆田从此将彻底告别“手无寸铁”、没有铁路的历史，驶上加快发展的快车道。（东南网 评）