《海底两万里》採用动画般的章节模式来进行叙事，同时结合SLG与AVG两种要素。玩家将从精于机械的（约翰）的观点，和拥有神秘力量的女主角（娜汀亚）一起经历古文明寻访之旅，同时品尝一段酸甜交织的爱恋滋味。当然除了男女主角外，动画中的鹦鹉螺号船长、副船长艾特拉、葛兰蒂丝三人组等重要角色也都会全员到齐，另外还新增金髮千金苏菲雅、黑髮眼镜娘拉斯等多位角色，而这些美少女似乎会因为游戏中选项的不同，和玩家发展出比女主角更加亲密的关係！