在历史上，九十九溪曾是晋江、南安水上交通要道，“船只往返于梅溪之上”，着名的磁灶窑陶瓷由此载运入泉州港，出洋远销海外。

新九十九溪大桥

由于该溪支流多，集雨面积大，雨季多洪涝，旱季又缺水。晋江先民早在宋熙宁年间就在此筑陂修埭，安陡门、水闸，引溪水灌溉两岸田地。《晋江县誌》记载：“所溉之田，曰潘湖洋、曰吟啸洋、曰池店洋、曰仙店洋、曰沟头洋、曰下埭洋、曰涵江洋、曰陈翁洋、曰孤坑洋。旧志云，溉田千八百顷。” 田畴丰熟，鱼米充裕，人文兴盛。九十九溪田园风光欧阳詹公园名人景观体验区有着丰厚的历史文化积澱，是一处人杰地灵的圣地。历史上共出过5名状元、2名榜眼；3名宰相、4名尚书。五位状元有唐代仕村的福建历史上第一位状元徐晦；五代渎头村的状元陈逖、五代潘湖村的状元黄仁颖；宋代清蒙村的状元王曾；清代的钱头村状元吴鲁。两位榜眼即唐代潘湖的开闽甲第榜眼欧阳詹、明代榜眼潘湖欧祠山的榜眼黄凤翔。三位宰相即宋代清蒙的宰相王曾、宋代潘湖的丞相欧阳珣；清代潘湖湖口的大学士黄锡衮。四位尚书即唐代仕村的礼部尚书徐晦、唐池店李厝的工部尚书李稠、明代潘湖临漳的刑部尚书黄光升、明代潘湖欧祠山的南京礼部尚书黄凤翔。明代大儒陈琛，苏浚，陈让、李五；台湾知府黄立本，吴鲁、丁拱辰，印尼国务部长黄自达、针记黄渭源、赤塘菲律宾副总统林丽妮；田洋金霞黄家泉部长黄家定特使等先辈都是在九十九溪两岸吃着这溪水长大的。九十九溪成为晋东平原重要的灌溉河系。九十九溪下游流域主要包括磁灶、青阳、池店、陈埭四个镇，总人口32．78万人，其中非农业人口4．99万人；总耕地面积9万亩，其中水田5．9万亩，工农业总产值98．91亿元，占全市的41．6%，其中工业产值195．59亿元，占全市42．5%，农业产值3．32亿元，占全市18%。

流域内各镇是晋江市工农业基础较为雄厚的重镇，有服装、鞋帽、陶瓷、食品四大产业，间杂有塑胶製品，汽车配件、印染、家具、纺织、机械、化工、轻工等。九十九溪流域的晋东平原，是晋江市主要水稻种植区，水田面积5．945万亩，占全市水田总面积的55%，全市92%的粮食定购任务要依託九十九溪流域四个镇。农业以水稻、豆类、花生、蔬菜、茶叶、水果为主。

得溪水滋润，历来两岸田畴丰熟，鱼米充裕，人文兴盛。唐贞元间首开闽南甲第的欧阳詹，唐池店李厝的工部尚书李稠、后唐状元掌院学士黄仁颖、宋观文殿大学士欧阳珣、明进士户刑尚书黄光升、榜眼南京礼部尚书黄凤翔、明代大儒陈琛，苏浚，名士陈让、李五；清代大学士潘湖叟黄锡衮、台湾知府黄立本，清代状元吴鲁，军火科学家丁拱辰，都是住在九十九溪两岸，印尼梭罗第三代华裔国务部长黄自达及针记黄渭源，赤塘菲律宾副总统林丽妮吃着这溪水长大的。还被称为“八闽文化先驱者”。——《闽政通考》云,“欧阳詹文起闽荒,为闽学鼻祖”清大学士潘湖叟黄锡衮撰曰：詹为闽文祖，后贤者皆其属孙；詹为闽文宗，后贤者皆其弟子。时至今日，梅溪两岸的磁灶古窑址，欧阳詹踏歌于上的唐朝吟啸桥，宋代修的大桥、小桥，陈翁桥、结砖桥，涵江古建筑群、潘湖欧阳詹故居、文杰黄状元衙、仁颖书院、肇盛黄相府、葵峰尚书第、田洋小宗黄自达黄渭源祖居、丁氏宗祠，吴鲁故居、赤塘菲律宾副总统林丽妮祖宅和明代的淞江斗门碑……一系列文物古蹟，如同一串珍珠般地点缀于九十九溪两岸。

九十九溪下游属亚热带海洋性季风气候区，地势低洼平坦，河流沟渠纵横交错，河道狭窄，沿途阻水建筑物多，加上溜滨水闸和乌边港水闸出流分别受晋江洪水和潮水的顶托影响，排洪能力有限，内涝情况十分突出，经常出现大水大灾，小水小灾的局面。

据载，1956年9月17日至23日，颱风在厦门登入，晋江受外围影响，磁灶、池店、陈埭不同程度受淹。1958年7月16日至18日，强颱风在晋江县南部登入，7月18日降雨316．3mm，晋江下游，晋东平原洪水泛滥。1959年9月10日至11日，晋江县降雨普遍在100mm以上，磁灶高达203mm，主要溪流超警戒线，水淹磁灶新桥面2米，晋东平原沦为泽国。1964年6月9日至17日，池店降雨达443mm，山洪暴发，内涝成灾。1969年6月9日至7月5日，持续暴雨，磁灶降雨量高达534．2mm，是历年来罕见。1972年8月17日，9号颱风在福鼎———平潭登入，受颱风影响，磁灶、青阳、池店连续降雨，造成内涝。1973年8月4日，3号颱风在晋江围头一带登入，风力10级以上，全县普降暴雨，磁灶溪水猛涨，沿溪6千多亩晚稻受淹；1975年9月23日，11号颱风在东山县登入，晋江县普降暴雨，风力大，雨量集中，磁灶沿溪晚稻、地瓜1．1万亩受淹。1981年7月，7、8号颱风是历史上罕见的，龙捲风伴有暴雨，全县日均降雨量100mm以上，磁灶达195mm。1988年9月21日至25日，受17、19号颱风影响，青阳地区降雨量达215mm，受灾较严重的有池店、磁灶、陈埭、青阳等。1999年10月9日，9914号颱风登入，普降大雨，九十九溪下游的磁灶、陈埭、青阳、池店等乡镇死亡1人，民房倒塌4301间，受灾人口6400人，农作物受灾32961亩，直接经济损失高达1．4亿元。受2000年8月25日第10号颱风的影响，九十九溪下游又造成洪涝灾害。

为此，2001年晋江市正式规划建设九十九溪下游防洪排涝工程，工程计画总投资3亿元，其中一期工程投资1．88亿元，整治河道长31．24公里，涉及磁灶、池店、青阳、陈埭4个镇。分3年完成，2001年度重点整治潘湖支流、池店支流、浦沟支流、沿江支流、双沟支流；2002年度整治乌边港支流、六原港支流、苏厝支流及五座水闸新扩建；2003年度整治九十九溪主河道及南渠支流。