德国汉莎航空公司在1933年对远程商用飞机提出了更高的要求，放弃了Ju-89计画。当时，第三架原型机已经完成，按照汉莎航空的要求，它被改造成了固定翼、更大载客量的飞机，就是Ju-90的原型。

Ju-90是一个四引擎、全金属飞机。新机身的横截面是椭圆形的，採用光滑的铝合金蒙皮。前四架Ju-90A每边有5对方形窗户。Ju-90B系列的与众不同是因为它的尾翼是椭圆形的。Ju-90 V6没有通过测试飞行，被改造成了Ju-390 V1. Ju-90 V9 也被取消，改造成了Ju-390 V2，1944年10月被改造成了Ju-390 V2。Ju-90 V10被改造成了Ju-390 V3轰炸机的原型机，但1944年6月该计画被取消。

Ju-90的机身分为了4部分或5部分，最多可容纳40名乘客。包括了卫生间、衣帽间、储存间和乘客行李舱。机身十分宽敞，有2.83米。装有可收放起落架。

首架原型机Ju-90 V1，有戴姆勒-宾士 DB 600C 四缸发动机，820千瓦。拥有比其前型Ju-89和其商用型更加强大的性能。在1937年8月28日首飞，汉莎航空公司进行远程测试，经过8个月的测试飞行，该原型机在1938年2月的超速试验中坠毁。

第二架原型机于1938年交付汉莎航空公司测试。像所有Ju-90商用型一样，由宝马132发动机提供620千瓦动力。这架原型机被命名为普鲁士，1938年11月，在热带飞行测试中，因为发动机故障，坠毁于甘比亚。

儘管经历了许多挫折，汉莎航空公司订购架Ju-90A。他们还使用了两架原型机，从1938年8月开始在柏林航线上飞行。据说该机共飞行62572公里。

1、1938年11月26日，德国汉莎航空Ju-90 V2起飞时坠毁在巴塞斯特，在测试飞行时，由于双引擎失灵，造成15名乘客中12人死亡。

2、1940年11月8日，德国汉莎航空Ju-90A，由于飞机结冰坠毁，造成机上29人丧生。

3、1944年9月，德国汉莎航空Ju-90 V3，在斯图加特机场损毁，当时机上没有人。

工作人员：4

容量：38-40乘客

长度：26.30米（86英尺3.5英寸）

翼展：35.02米（114英尺10英寸）

机高：7.5米（24英尺7英寸）

机翼面积：184米²（1980英尺²）

空重：19225公斤（42391磅）

载入重量：33680公斤（74264磅）

动力装置：4×宝马132 h-1的径向发动机，610千瓦（820马力）

最大速度：350公里/小时（每小时217英里）

巡航速度：320公里/小时（每小时200英里）

航程：1247公里（774英里）

实用升限：5750米（18860英尺）