开阔海岸和海湾海岸等地貌类型，主要保护北仑河口和珍珠港的红树林及其海洋自然生态系统。

保护区具有红树林连片生长面积大、分布相对集中、生态景观奇特、地理位置特殊、动植物种类组成和群落结构随海岸类型变化而呈多样化等特徵，在遗传、物种和生态系统等方面具有我国其他的海区不可代替的作用。

1990年3月，广西区政府批准在该地建立省级海洋自然保护区，1998年5月，由国家海洋局经国土资源部。向国务院申报，在1999年11月召开的国家级自然保护区评审会上获得全体评审委员一致通过，日前终获国务院批准建立为国家级海洋自然保护区。