国旗呈长方形，长宽之比为9：5。旗面自上而下由蓝、白、蓝三个平行相等的横长方形相连而成，白色部分中央绘有国徽图案。因萨尔瓦多曾是原中美洲联邦的成员国，其国旗颜色与原中美洲联邦国旗之颜色相同。蓝色象徵蓝天和海洋，白色象徵和平。